结论：农村耕地是否可以建养殖场，需根据耕地类型、是否履行相关审批手续以及当地政策规定来判断。基本农田一律不得占用建养殖场；非基本农田在符合法律法规、规划要求及环保标准，并办理相关审批手续后，可用于建养殖场。至于乡镇政府中谁负责相关事宜，这通常取决于具体的审批流程和当地政府的组织架构，但一般来说，农业农村部门和自然资源部门是主要的审批和管理部门，乡镇政府可能负责备案或初步审核等工作。

详细分析：

1. 耕地类型与用途限制：

   • 基本农田：作为特殊保护的耕地，基本农田只能用于粮、棉、油、蔬菜等种植业生产，严禁在其上建设养殖场。违反规定将面临责令限期改正、恢复原种植条件及罚款等处罚。
   • 非基本农田（一般耕地）：在符合《畜牧法》等相关法律法规规定的情况下，非基本农田可以用于建设养殖场。但需注意，养殖用地仍属于农业用地范畴，其上的建筑设施不应改变土地的基本用途。

2. 相关法律法规依据：

   • 《中华人民共和国土地管理法》：明确保护耕地，严格控制耕地转为非耕地，未经批准擅自将耕地用于非农业建设属违法行为。
   • 《中华人民共和国畜牧法》：支持规模化、标准化养殖，允许在符合规划条件的非基本农田上建设养殖场。

3. 申请审批流程：

   • 提出申请：如有建设养殖场需求，应首先向当地农业农村部门和自然资源部门提出书面申请，并可能涉及与农村集体经济组织签订用地协议，涉及土地承包经营权流转的还需签订流转合同。
   • 办理审批：按照法定程序办理用地审批手续，包括生产设施用地的备案、签订用地协议，并在相关部门（如国土局和农业局）备案。同时，养殖场的选址还需通过规划局的审批。乡镇政府可能在这一过程中负责备案或初步审核等工作。
   • 环保评估：养殖场应遵守环保法规，进行环境影响评价，确保养殖废弃物得到妥善处理，防止环境污染。

4. 乡镇政府中的负责部门：

   • 乡镇政府中具体负责养殖场审批和管理事宜的部门可能因地区而异，但一般来说，农业农村部门和自然资源部门是主要的审批和管理部门。乡镇政府可能负责接收申请材料、进行初步审核或备案等工作。为了获取最准确的信息，建议直接咨询当地乡镇政府或相关部门。

5. 其他注意事项：

   • 保护耕地资源：在建设过程中，应特别注意保护耕地资源，不得破坏耕地的耕作层和种植条件。
   • 恢复原用途：畜禽养殖场、养殖小区用地使用权期限届满或不再使用时，需负责将土地恢复至原用途。
   • 政策调整与优化：鉴于地方对设施农业用地政策的调整和优化，建议在建设前详细咨询当地相关部门，了解最新的政策和审批流程。

建议与后果：

• 建议：在决定在农村耕地上建设养殖场前，务必充分了解当地政策规定、耕地类型以及审批流程。与当地政府部门沟通，确保项目能够顺利进行并符合法律法规的要求。
• 法律后果：未经批准擅自在耕地上建设养殖场是违法的，将面临相应的法律责任，包括责令限期改正、恢复原种植条件及罚款等。因此，务必确保所有审批手续齐全且合规。

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