结论概述： 在上游开票方跑路且未交税的情况下，下游企业可能面临无法抵扣进项税、税务稽查风险、法律责任风险以及商业信誉受损等多重后果。以下是对这些后果的详细分析：

1. 无法抵扣进项税：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关规定，企业购进货物或接受应税劳务时，应取得合法有效的增值税专用发票作为抵扣进项税的凭证。若上游开票方跑路且未交税，其开具的发票可能被视为无效或不合规，导致下游企业无法进行进项税抵扣。
   • 后果分析：下游企业将因此承担更高的税负，因为无法抵扣的进项税将计入成本，增加企业的运营成本。

2. 税务稽查风险：

   • 法律背景：税务机关有权对企业的税务情况进行稽查，包括发票的真实性、合法性以及税款的缴纳情况。若上游开票方跑路且未交税，下游企业可能因使用不合规发票而成为税务稽查的重点对象。
   • 后果分析：税务稽查可能导致企业面临罚款、滞纳金等处罚，甚至可能引发更严重的税务违法问题，影响企业的正常运营。

3. 法律责任风险：

   • 法律背景：若下游企业明知上游开票方存在违法行为（如虚开发票、偷逃税款等）而仍接受其发票，可能构成共同违法或犯罪行为，需承担相应的法律责任。
   • 后果分析：根据违法情节的严重程度，下游企业可能面临行政处罚、刑事处罚等法律后果，对企业的声誉和未来发展造成严重影响。

4. 商业信誉受损：

   • 法律背景：虽然商业信誉受损不直接涉及法律条款，但它是企业运营中不可忽视的重要因素。若下游企业因使用不合规发票而引发税务问题或法律纠纷，将对其商业信誉造成负面影响。
   • 后果分析：商业信誉受损可能导致企业失去客户信任、合作伙伴支持以及融资机会等，进而影响企业的市场竞争力和长期发展。

建议与措施：

• 加强发票管理：下游企业应建立完善的发票管理制度，确保所取得的发票真实、合法、有效。对于存在疑问的发票，应及时与上游开票方沟通核实或向税务机关咨询。
• 及时报案与配合调查：若发现上游开票方存在违法行为或跑路情况，下游企业应及时向公安机关报案，并积极配合税务机关和公安机关的调查工作。
• 寻求法律帮助：在面临税务问题或法律纠纷时，下游企业应及时寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益并降低法律风险。

进一步思考：

• 下游企业在选择合作伙伴时，应加强对上游企业的资质审查和信誉评估，以降低因上游企业违法行为而引发的风险。
• 企业应加强对员工的税务法律培训，提高员工的税务法律意识和风险防范能力。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你服务。