下游企业是否会被处罚，需根据其是否尽到合理注意义务、是否构成善意取得虚开增值税专用发票等情形综合判断，具体分以下两种情况分析：
1. 若下游企业不知情且符合善意取得条件，一般不处罚
根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号），若下游企业同时满足以下条件，可认定为“善意取得”：
- 主观无过错：对上游企业未缴税、虚开发票的行为不知情，且无主观故意；
- 交易真实：与上游企业存在真实的货物或服务交易；
- 支付对价：已按合同约定支付货款；
- 发票形式合法：取得的发票是上游企业合法领购、开具的，且票面信息与实际交易一致。
处理结果：
- 税务机关通常不会对下游企业进行行政处罚（如罚款、滞纳金）；
- 但需补缴已抵扣的增值税进项税额（因上游未缴税，下游抵扣的税款实际未缴纳至国库）；
- 若下游企业能重新从合法渠道取得合法发票，可重新申报抵扣。
2. 若下游企业明知或应知上游违法，可能面临行政处罚甚至刑事责任
若下游企业存在以下情形，可能被认定为“恶意取得”或“共同违法”：
- 明知上游企业无真实交易：如低价购进发票、与上游企业串通虚开；
- 未履行合理注意义务：如未核查上游企业资质、未留存交易合同、付款凭证等证明材料；
- 多次取得问题发票：短期内频繁与异常企业交易，或发票内容与实际业务明显不符。
处理结果：
- 行政处罚：税务机关可追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款（通常为少缴税款的0.5倍至5倍）；
- 刑事责任：若下游企业参与虚开发票（如让他人为自己虚开），可能构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票罪”，最高可处无期徒刑，并处罚金或没收财产。
实务建议
- 立即自查：梳理与上游企业的交易记录、合同、付款凭证、物流单据等，确认交易真实性；
- 主动申报：若发现发票问题，及时向税务机关说明情况，配合调查，争取从轻处理；
- 完善内控：建立供应商审核机制，避免与异常企业交易，留存完整交易证据链；
- 法律救济：若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
提示：税务合规是企业经营的红线，建议定期进行税务健康检查，降低法律风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性分析。