在交通运输事故中，当存在主要责任和次要责任时，医药费的赔偿通常依据双方的责任比例来划分。以下是对此问题的详细解答：
责任划分原则
- 过错程度：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。过错程度是划分责任大小的重要依据。在交通事故中，如果一方存在闯红灯、超速等明显过错行为，而另一方相对过错较小，那么过错较大的一方将承担主要责任。
- 原因力大小：即各方行为对损害结果发生的作用大小。如果一方的行为对损害结果的发生起到了主要作用，那么该方应承担主要责任；反之，则承担次要责任。例如，在追尾事故中，后车通常因未保持安全距离而承担主要责任。
- 公平原则：在无法明确划分过错或原因力的情况下，法院可能会根据公平原则，结合案件实际情况，酌情确定各方的责任比例。
医药费赔偿方式
- 按责任比例分担：主要责任人需承担大部分医药费，具体比例可能根据案件具体情况而定，常见的比例划分如主要责任人承担70%、80%，次要责任人则承担剩余的30%、20%等。
- 计算示例：假设总医药费为10万元，若主要责任人承担70%的责任，则主要责任人应赔偿：\(10万 \times 70\% = 7万元\)；次要责任人承担30%的责任，则次要责任人应赔偿：\(10万 \times 30\% = 3万元\)。
特殊情况处理
- 连带责任：在某些情况下，如共同侵权行为中，主要责任人和次要责任人可能需要承担连带赔偿责任。这意味着受害人可以向任何一方或双方要求全额赔偿，而承担责任的一方有权向另一方追偿其应承担的部分。不过，在一般的交通事故中，连带责任的情况相对较少。
- 保险赔付：如果事故涉及保险，如机动车交通事故责任强制保险或商业第三者责任险等，保险公司应在保险限额内先行赔付受害人的医药费。不足部分再由责任方按照责任比例分担。例如，如果保险公司赔付了8万元，而总医药费为10万元，那么剩余的2万元就需要由责任方按照责任比例来分担。
法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条：行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。依照法律规定推定行为人有过错，其不能证明自己没有过错的，应当承担侵权责任。
- 《中华人民共和国民法典》第一千一百七十九条：侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。
在实际操作中，责任比例的划分和医药费的赔偿可能会因具体案件情况而有所不同。因此，在处理此类事故时，建议及时咨询专业律师，以便更准确地了解自身权益和责任，并得到有效维护。如果你有任何关于交通运输事故责任划分或医药费赔偿的问题，都可以直接向我咨询。