结论前置：休产假期间年终奖是否会扣除，主要取决于公司的具体规定、劳动合同中的相关条款以及相关法律法规的综合考量。在大多数情况下，如果公司规定或合同约定年终奖不与出勤天数直接挂钩，且女职工完成了年度绩效目标，则不应因休产假而扣除年终奖；反之，则可能会扣除相应部分。
法律法规层面
《女职工劳动保护特别规定》第五条：明确规定用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。年终奖作为工资性收入的一部分，理应受到此规定的保护。这意味着，从法律层面讲，女职工在休产假期间，其年终奖的发放不应受到不公平的对待。
年终奖的性质：年终奖是用人单位对员工一年工作表现的奖励，通常构成工资总额的一部分。因此，女职工在产假期间虽未直接参与工作，但仍应享有获得年终奖的权利，除非公司有明确的规章制度或劳动合同约定排除这一权利。
公司规章制度与劳动合同角度
公司规章制度有明确规定：
- 如果公司规章制度中明确规定了年终奖的计算方式与标准，且不与出勤天数简单挂钩（如依据年度绩效目标完成情况），则女职工休产假不应影响其年终奖的全额发放。
- 若规章制度规定年终奖与出勤或绩效挂钩，且该规定合理且经过民主程序制定并公示，那么在女职工未实际出勤或未完成绩效的情况下，公司可能不发放或减发年终奖。
劳动合同中有约定：
- 劳动合同中对年终奖的发放有具体约定的，应按照合同约定执行。如约定产假期间按正常工资标准发放年终奖，则公司应依约履行。
- 若合同未明确约定，则需参考公司规章制度或行业惯例，以及公平合理原则进行判断。
无明确规定或约定：
- 在公司规章制度和劳动合同均无明确规定或约定的情况下，从公平合理角度出发，司法实践可能会倾向于支持女职工获得一定比例的年终奖，以体现对其生育贡献的认可。
特殊情况处理
- 已参加生育保险的女职工：其生育津贴由生育保险基金支付，可能已包含上年度全部职工奖金。在这种情况下，用人单位在发放年终奖时，可根据实际情况扣除本年度产假期间的奖金部分，但需确保这一做法不违反法律法规和公平合理原则。
- 未参加生育保险的女职工：其生育津贴由用人单位按照产假前工资标准支付。用人单位应确保女职工在产假期间的工资待遇不变，包括年终奖的发放，除非有明确的规章制度或合同约定排除这一权利。
建议与操作指南
- 查阅规定与合同：女职工应首先查阅所在公司的规章制度及劳动合同中关于年终奖的具体规定，以了解自己的权益。
- 沟通与确认：对于规定不明确或有疑问的地方，建议与公司的人力资源部门进行沟通，明确年终奖的计算方式及可能的影响因素。
- 维护权益：若发现自己的权益受到侵害，如公司无正当理由扣除年终奖，女职工应及时通过合法途径维护自己的合法权益，包括与公司协商、向劳动仲裁机构申请仲裁等。
总结：休产假期间年终奖是否会扣除是一个复杂的问题，需要综合考虑法律法规、公司规章制度、劳动合同以及实际情况等多个方面。在处理此类问题时，应遵循公平合理的原则，确保女职工的合法权益得到保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。