结论：休产假和病假是否扣年终奖，不能一概而论，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 许多公司会在规章制度中明确规定年终奖的发放条件、标准以及与考勤、绩效的关联。如果公司规章制度中明确规定，休产假或病假期间不享受年终奖，或者年终奖与出勤率直接挂钩，那么员工在休产假或病假时，可能会按照制度规定被扣除部分或全部年终奖。
- 建议：员工在入职时，应仔细阅读公司规章制度，特别是关于年终奖的部分，了解自己的权益和义务。如果公司规章制度中存在不合理或违法的条款，员工有权提出异议或寻求法律帮助。
劳动合同：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确规定了年终奖的发放方式和条件，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照合同约定执行。
- 建议：员工在签订劳动合同时，应确保合同中关于年终奖的条款清晰、明确，并符合自己的期望。如果合同中没有明确规定，员工可以与公司协商补充或确认相关条款。
二、相关法律法规的规定
产假期间的权益：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在产假期间享有生育津贴等福利待遇，且用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
- 分析：虽然法律法规没有直接规定产假期间是否发放年终奖，但年终奖作为工资的一部分，原则上不应因女职工休产假而被扣除。如果公司规章制度或劳动合同中存在扣除年终奖的条款，且这些条款与法律法规相抵触，那么这些条款可能是无效的。
病假期间的权益：
- 病假期间，员工享有医疗期，且用人单位应按照劳动合同或公司规章制度的规定支付病假工资。病假工资通常不低于当地最低工资标准的80%。
- 分析：与产假类似，法律法规没有直接规定病假期间是否发放年终奖。但年终奖作为对员工一年工作表现的奖励，如果员工因病假未能全勤，公司是否扣除年终奖应取决于公司规章制度或劳动合同的约定。然而，如果扣除年终奖的条款显失公平或违反法律法规的强制性规定，员工有权提出异议。
三、实际操作中的建议
与公司沟通：
- 如果员工对年终奖的发放有疑问或不满，首先应与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司规章制度和劳动合同中关于年终奖的具体规定。
寻求法律帮助：
- 如果员工认为公司扣除年终奖的行为违反了法律法规或劳动合同的约定，可以寻求法律帮助，如咨询专业律师或向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
保留证据：
- 员工应保留好与公司沟通的记录、公司规章制度、劳动合同等相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
总结：休产假和病假是否扣年终奖，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。如果员工对此有疑问或不满，建议与公司沟通并寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。