营运车损失赔偿的责任主体需根据事故责任、保险情况及特殊情况综合判断，一般情况下，由肇事方、保险公司或双方按责任比例分担。以下是对此问题的详细分析：
一、责任主体与赔偿责任
对方负全责
- 赔偿依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
- 赔偿主体：若对方为个人，则由其个人承担赔偿责任；若对方为单位驾驶员且在执行职务行为时发生事故，则由用人单位承担赔偿责任。劳务派遣期间，被派遣的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由接受劳务派遣的用工单位承担侵权责任；劳务派遣单位有过错的，承担相应的责任。
双方都有责任
- 赔偿原则：按各自过错比例分担损失。根据《中华人民共和国民法典》第一千一百七十二条，二人以上分别实施侵权行为造成同一损害，能够确定责任大小的，各自承担相应的责任；难以确定责任大小的，平均承担责任。
- 实例说明：如两车相撞，一方承担60%责任，另一方承担40%责任，则受损营运车的营运损失应按各自责任比例分担。
己方也有责任
- 同样按照责任比例分担损失。例如，若己方承担30%责任，对方承担70%责任，则己方营运车的营运损失中，对方需按70%比例赔偿。
保险公司责任
- 交强险：在责任限额内赔偿。根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十一条，被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失的，由保险公司依法在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。
- 商业第三者责任险：超出交强险部分，按保险合同约定赔偿。若保险合同将营运损失列为间接损失并免责，且保险公司已按规定提示和说明，则保险公司不赔偿营运损失；否则，保险公司仍需赔偿。
二、赔偿范围与计算
- 赔偿范围：包括停运期间的收入损失及额外费用（如租赁替代车辆费），需合理必要且有充分证据支持。
- 计算方法：
- 优先通过司法鉴定确定具体数额。
- 提供近期营运收入记录、税务证明等作为证据。
- 若无法提供充分证据，可参考当地同行业平均收入标准进行计算。
三、特殊情况处理
- 肇事方逃逸或未投保：由肇事方自行承担赔偿责任，或通过其他途径（如道路交通事故社会救助基金）解决。
- 被侵权人有过错：根据“与有过失”制度，减轻侵权人的赔偿责任。即被侵权人自身也存在过错时，其应承担的损失部分会相应减少。
- 挂靠车辆：挂靠人和被挂靠人承担连带责任。即挂靠车辆发生事故造成营运损失时，挂靠人和被挂靠单位需共同承担赔偿责任。
四、争议解决途径
- 双方可通过协商、调解或诉讼等途径解决争议。在诉讼过程中，可委托法院进行司法鉴定以确定营运损失的具体数额。
建议：在处理营运车损失赔偿问题时，建议受损方及时收集并保留相关证据（如事故责任认定书、营运收入记录等），以便在后续索赔过程中提供有力支持。同时，受损方也应积极与肇事方、保险公司等沟通协商，寻求合法有效的争议解决途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。