结论前置：旷工一天扣三天工资的做法是不合法的，劳动者完全有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与违法性分析
违反劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。旷工一天扣三天工资，显然超出了劳动者当天未提供劳动所应扣除的工资范围，属于克扣工资的行为。
- 《工资支付暂行规定》第十六条也明确，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。旷工一天扣三天工资，显然不符合这一规定。
无权罚款：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，除行政机关和人民法院外，其他单位无权实施罚款。用人单位对旷工劳动者进行经济处罚，特别是旷工一天罚三天工资的做法，违反了这一法律规定。
缺乏合法依据：
- 用人单位的扣罚规定还需符合劳动合同的约定或公司规章制度，且这些规定必须通过民主程序制定、内容合法并已向劳动者公示。若无法提供这样的合法依据，扣罚行为即缺乏法律依据。
二、劳动仲裁的适用性与流程
适用性：
- 既然旷工一天扣三天工资的做法不合法，劳动者完全有权向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，以维护自己的合法权益。
仲裁流程：
- 准备材料：劳动者需准备劳动仲裁申请书（明确仲裁请求、事实和理由）、身份证件及相关证据材料（如劳动合同、工资条、考勤记录、公司扣薪规定等）。
- 提交申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交申请材料。委员会将在收到申请后一定期限内审查并决定是否受理。
- 审理与裁决：若受理，将安排开庭审理。双方可举证、质证和辩论。委员会将根据证据和法律规定作出裁决。
可能结果：
- 若认定用人单位扣薪行为违法，可能裁决其支付被克扣的工资差额。
- 若劳动者旷工确给用人单位造成损失，委员会可能酌情认定用人单位可扣除一定比例工资作为赔偿，但不会支持旷工一天扣三天工资的不合理扣罚。
三、劳动者的权益保护与建议
积极维权：
- 面对不合法处罚，劳动者应积极维护自己的权益，可通过劳动仲裁或向劳动监察部门投诉举报。
法律支持：
- 一旦核实用人单位存在违法行为，劳动部门将责令其支付相关款项。若逾期不支付，还将被责令支付额外赔偿金。
注意事项：
- 在申请劳动仲裁前，建议劳动者先与用人单位进行沟通协商，尝试通过和解方式解决纠纷。
- 劳动者应充分了解相关法律法规，积极准备证据材料，并按照法定程序进行申诉。
总结：旷工一天扣三天工资的做法明显违法，劳动者有权通过劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。在维权过程中，劳动者应充分了解相关法律法规，积极准备证据材料，并按照法定程序进行申诉。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。