案件受理费由被告负担的给付方式，通常是在案件判决生效后，由被告直接向原告支付，或由被告将费用交至法院，再由法院转交原告。具体分析如下：

1. 判决生效后的支付：在民事诉讼中，如果法院判决案件受理费由被告负担，那么这一判决具有法律效力。被告需要在判决生效后，按照判决指定的期限和方式，将案件受理费支付给原告。这是最常见的方式，体现了判决的权威性和执行力。
2. 通过法院转交：在某些情况下，被告可能选择将案件受理费交至法院，再由法院转交给原告。这种方式通常发生在被告对判决结果无异议，但希望确保支付过程正规、有记录的情况下。法院会出具相应的收据或证明，作为被告已履行支付义务的凭证。
3. 执行程序中的支付：如果被告在判决生效后未主动支付案件受理费，原告可以向法院申请强制执行。在执行程序中，法院会采取一系列措施，如查封、扣押、拍卖被告的财产等，以强制被告履行支付义务。这种情况下，案件受理费的支付将通过法院的执行程序来完成。

建议：

• 在诉讼过程中，原告应确保自己的诉讼请求明确，包括案件受理费的负担问题，以便法院在判决时能够作出明确裁决。
• 如果被告未按时支付案件受理费，原告应及时向法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，原告可以保留好相关证据，如法院的判决书、收据等，以备不时之需。