在原行政行为已被复议确认程序违法，而法院判决驳回诉讼请求的情况下，通常涉及的是对行政复议决定与法院判决之间关系的理解，以及相应法律条款的适用。一般来说，这种情况可能并不直接对应某一条具体的法律条文来“判决驳回诉讼请求”，因为驳回诉讼请求的判决是基于法院对案件事实和法律适用的综合判断。不过，我可以从相关法律原则和类似情形的处理上，为你提供一些分析和建议：

1. 行政复议与行政诉讼的关系：

   • 行政复议是行政系统内部的一种监督机制，用于纠正违法的或不当的行政行为。
   • 行政诉讼则是公民、法人或其他组织认为行政行为侵犯其合法权益时，向人民法院提起的诉讼。
   • 当行政行为被复议确认违法后，如果申请人（即原行政行为的相对人）对复议决定不服，可以依法向人民法院提起行政诉讼。

2. 法院判决驳回诉讼请求的可能情形：

   • 复议决定合法有效：如果法院认为复议决定虽然确认了原行政行为程序违法，但并未撤销或变更原行政行为，且该复议决定本身合法有效，同时原行政行为在实体上并未对申请人的合法权益造成实际影响，法院可能会判决驳回诉讼请求。这种情况下，法院的判决可能基于《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条的规定，即“行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或者原告申请被告履行法定职责或者给付义务理由不成立的，人民法院判决驳回原告的诉讼请求”。但需要注意的是，此条通常直接适用于对原行政行为的审查，而在复议确认违法后，法院更多会审查复议决定的合法性。不过，若复议决定未改变原行政行为实体内容，且程序违法未造成实际损害，法院可能以此逻辑驳回。
   • 诉讼请求不明确或不合理：如果申请人的诉讼请求不明确、不合理或缺乏法律依据，法院也可能判决驳回。
   • 已过诉讼时效：如果申请人提起行政诉讼时已超过法定诉讼时效，且无法提供正当理由，法院同样会判决驳回。

3. 针对此情形的建议：

   • 仔细审查复议决定和法院判决：了解复议决定为何确认原行政行为程序违法，以及法院为何判决驳回诉讼请求。这有助于你明确下一步的行动方向。
   • 考虑是否上诉：如果你认为法院的判决有误，或者复议决定未能充分维护你的合法权益，你可以在法定期限内向上级人民法院提起上诉。
   • 寻求专业法律帮助：由于行政诉讼涉及复杂的法律问题和程序，建议你咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

在处理此类案件时，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅为一般性建议。如果你面临具体的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律意见。