当省级政府规章与市级地方性法规发生冲突时，应当按照以下原则和程序处理：

1. 上位法优于下位法原则
   根据《中华人民共和国立法法》第九十五条，地方性法规的效力层级高于本级和下级地方政府规章。但需注意：

   • 省级政府规章属于省级行政立法，市级地方性法规属于市级人大立法，二者效力层级需结合具体冲突内容判断。
     
   • 若市级地方性法规与省级地方性法规冲突，则省级法规效力更高；但若与省级政府规章冲突，需进一步分析是否涉及上位法授权或特别规定。

2. 特别规定优于一般规定原则
   若冲突内容属于某一领域特别事项（如环境保护、历史文化保护等），且市级地方性法规是针对该领域作出的专门规定，可能优先适用。但需满足：

   • 市级法规未超越立法权限（如不得设定行政许可、行政处罚等应由省级以上立法规定的事项）；
     
   • 市级法规与上位法（如法律、行政法规、省级地方性法规）不抵触。

3. 报请裁决机制
   根据《立法法》第九十五条，若无法直接判断效力高低，可按以下程序处理：

   • 省级政府规章与市级地方性法规冲突：由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用政府规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决。
     
   • 实践中：此类冲突较少直接进入裁决程序，通常通过立法协调机制（如省级人大常委会与市政府沟通）提前化解。

4. 实践中的处理建议

   • 行政机关适用规则：行政机关在执法中若面临冲突，应优先选择明显合法有效的规范；若无法判断，可暂停执行并层报省级政府或市级人大常委会请求指导。
     
   • 公民、法人权利救济：若因冲突导致权利受损，可通过行政复议或行政诉讼主张权利，法院将依据《立法法》及上位法优先原则进行审查。

总结：省级政府规章与市级地方性法规的冲突需结合效力层级、特别规定、报请裁决程序综合判断。实践中，建议优先通过立法协调机制解决，若涉及具体权利义务，可进一步向我咨询具体场景下的法律适用问题。