公司考勤制度落实不到位是否违法，这个问题需要从多个维度来探讨。

首先，从法律层面来看，《劳动合同法》第三十九条第二项规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但这一条款的适用前提是，规章制度的制定程序及内容必须不违反法律规定，且必须确保员工已经知晓并理解了这些规章制度。如果公司的考勤制度存在制定程序不合法、内容违规或者未向员工公示等问题，那么公司依据这样的制度来处分员工，就可能会构成违法行为。

其次，考勤制度的执行也需要遵循公平、公正、合理的原则。如果公司在执行考勤制度时存在歧视、不公正对待或者过度严苛等情况，也可能引发法律纠纷。例如，如果公司仅仅因为员工偶尔忘记打卡就直接解除劳动合同，而没有考虑员工的实际工作表现、工作性质以及是否有合理的解释等因素，那么这样的做法很可能会被认定为违法。

再来看具体的案例。在商晔的案例中，公司因为考勤管理制度的落款单位名称不一致，导致依据该制度解除与商晔的劳动合同缺乏制度依据，最终被法院判决支付赔偿金。这个案例说明，公司在制定和执行考勤制度时，必须确保制度的合法性、有效性和一致性，否则就可能会面临法律风险。

另外，雷某的案例也提供了一些启示。虽然雷某存在上班期间打卡不规范的行为，但法院在审理时也会考虑行为的严重程度以及公司是否给予了合理的整改机会等因素。如果公司仅仅因为员工轻微的违规行为就直接解除劳动合同，而没有进行充分的调查和沟通，那么这样的做法也可能会被认定为违法。

综上所述，公司考勤制度的落实不到位是否违法，取决于多个因素的综合考量。为了避免法律风险，公司应该确保考勤制度的合法性、有效性和一致性，并在执行时遵循公平、公正、合理的原则。同时，员工也应该遵守公司的考勤制度，如有特殊情况应及时与公司沟通并寻求解决方案。