当单位发现员工存在与单位犯罪相关的行为时，处理这一问题需要细致且严谨，既要遵循法律法规，也要考虑单位内部的规章制度。以下是对此问题的详细解答：
一、员工是否需承担刑事责任
首先，要明确的是，并非所有参与单位工作的员工都会因单位犯罪而承担刑事责任。这主要取决于员工在犯罪中的角色、行为以及是否对犯罪行为有明确的认知。
无需承担刑事责任的情形：
- 如果员工对单位犯罪并不知情，或者虽然知晓但没有直接参与犯罪行为，且其工作内容与犯罪行为无直接关联，那么这些员工通常不会被追究刑事责任。例如，后勤人员如清洁工、食堂工作人员等，若他们未参与犯罪的策划与实施，则不会因此承担刑事责任。
需承担刑事责任的情形：
- 直接负责的主管人员：这类人员在单位犯罪中起决定、批准、授意、纵容、指挥等作用，是单位犯罪的核心决策者或推动者。他们往往是单位的高层管理人员，如法定代表人、部门经理等，需要承担相应的刑事责任。
- 其他直接责任人员：这类人员虽然不像主管人员那样具有决策权，但他们积极参与了犯罪的实施过程，并在其中发挥了较大作用。他们可以是单位的经营管理人员，也可以是普通员工，如按照领导要求具体操作虚开发票行为的财务人员。
二、单位对员工的处理措施
一旦确认员工存在犯罪行为或可能涉及单位犯罪，单位应采取以下措施：
内部初步调查：
- 单位应首先进行内部初步调查，收集并固定相关证据材料，确保调查过程合法合规，不侵犯员工合法权益。
配合司法机关：
- 单位有义务及时配合公安机关、检察机关等司法机关的调查工作，提供所掌握的证据和信息。
劳动关系处理：
- 暂停工作：为防止员工继续实施损害行为或干扰调查，单位可按照法定程序暂停其工作，并告知原因和期限。
- 解除劳动关系：若员工犯罪行为严重违反单位规章制度（且该规章制度经民主程序制定并已公示），或根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者被依法追究刑事责任的，单位可以解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
法律追责与内部整改：
- 直接责任人员：对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，根据《中华人民共和国刑法》相关规定，应判处刑罚，并追缴违法所得。
- 一般工作人员：对于未直接参与犯罪的一般工作人员，虽不追究刑事责任，但可根据单位规章制度给予内部纪律处分。
- 加强法律意识：单位应组织所有员工加强法律意识教育，遵守法律法规，防止类似事件再次发生。
其他事项处理：
- 通知相关方：单位应及时将员工犯罪及解除劳动关系等情况通知工会，并听取意见。同时，根据实际情况决定是否向合作伙伴、客户等相关方通报情况。
- 风险评估与防范：全面评估员工犯罪行为可能带来的法律风险、经济损失和声誉损害，并采取相应措施进行防范和应对。
- 员工档案处理：按规定对员工的人事档案进行相应处理，记录解除劳动关系的情况和犯罪事实等。
- 内部整改与补偿：单位应进行内部调查和整改，发现和修正管理漏洞，建立健全内部控制和监督机制。同时，积极履行法律责任，向受害者提供补偿和援助。
三、结论与建议
单位在处理员工犯罪行为时，应严格遵循法律法规和单位规章制度，确保处理过程的合法性、公正性和有效性。同时，通过加强内部管理和员工教育，预防类似事件的再次发生，维护单位的稳定和发展。如果你或你所在单位面临这样的问题，建议尽快咨询专业的律师以获取更准确的法律意见和帮助。