工程结算时加盖项目部章的效力并非绝对有效或无效，而是需要根据具体情况进行判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、通常情况下有效的情况
项目部章的性质与用途：
- 项目部是施工单位为特定工程建设而设立的临时性管理机构，项目部章在项目施工管理过程中，通常用于与该项目有关的文件往来、工程资料确认等事务。若项目部章在以往的使用中，已经得到了双方的认可，且用于工程结算符合交易习惯，那么加盖项目部章的工程结算文件通常会被认定为有效。
实例说明：
- 例如，在某小型建筑工程中，建设单位和施工单位在整个施工期间的所有涉及工程事务的文件都是加盖项目部章来确认，且双方也按照这些文件履行了各自的义务。在此情况下，施工单位在结算文件上加盖项目部章，该结算文件通常具有法律效力。
二、存在效力瑕疵的情况
合同明确约定：
- 如果双方签订的建设工程合同中明确约定了工程结算必须加盖公司公章或合同专用章才有效，那么仅加盖项目部章的结算文件可能会被认定为无效。因为合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，双方应当严格遵守。
相对方未尽合理审查义务：
- 如果相对方知道或者应当知道项目部章不能代表施工单位进行工程结算，却仍然接受加盖项目部章的结算文件，可能会影响结算文件的效力。例如，若建设单位已收到施工单位的书面通知，明确告知项目部章仅用于工程资料管理，不得用于工程结算，但建设单位仍然接受加盖项目部章的结算文件，则该结算文件的效力可能不被法院认可。
无代理权或超越代理权：
- 如果加盖项目部章的人员没有得到施工单位的授权，或者超越了授权范围进行工程结算，且相对方对此应当知晓，那么该结算行为可能被认定为无效。例如，项目部的一名普通工作人员，在未得到施工单位授权的情况下擅自使用项目部章与建设单位进行结算，若建设单位明知该工作人员无结算权限仍与其进行结算，则这种结算行为可能不具有法律效力。
项目部未获授权：
- 如果项目部并未获得公司的明确授权，只是公司内部的一个管理机构，并没有对外效力，那么盖有项目部章的结算单可能无效。因为项目部章不能代表公司的意志，也不能承担公司的法律责任。
三、建议与风险防范
明确约定印章使用：
- 为确保工程结算文件的合法有效，建议双方在合同签订时明确约定结算印章的要求，如必须使用公司公章或合同专用章等。这样可以避免后续因印章使用问题产生的纠纷。
加强印章管理：
- 施工单位应加强对项目部章的管理，确保印章的合法、合规使用。可以制定印章使用管理制度，明确印章的使用范围、审批程序等，防止因印章管理不善而带来的法律风险。
及时咨询法律专业人士：
- 在工程结算过程中，如果双方对印章使用问题存在争议或不确定之处，应及时咨询法律专业人士，如律师等。他们可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助双方解决纠纷或避免潜在的法律风险。
综上所述，工程结算时加盖项目部章的效力需根据具体情况判断。为确保结算文件的合法有效，建议双方在合同签订时明确约定结算印章的要求，并在实际履行过程中严格遵守相关规定。如有任何疑问或不确定之处，可直接向我咨询以避免潜在的法律风险。