工程项目部在结算单上盖项目部印章的法律效力需根据具体情况判断，以下分情况说明：

1. 通常情况下有效

   • 项目部章的性质与用途：项目部作为施工单位为特定工程设立的临时管理机构，其印章在项目施工管理过程中，常用于与项目相关的文件往来、工程资料确认等事务。若项目部章在以往交易中一直被用于确认各类文件，包括进度款申请、材料签收单等，并形成了交易习惯，那么在工程结算时加盖项目部章，一般会被认定为有效。
   • 实例说明：例如，在某小型建筑工程中，建设单位和施工单位在整个施工期间的所有涉及工程事务的文件都是加盖项目部章来确认，且双方也按照这些文件履行了各自的义务。在此情况下，施工单位在结算文件上加盖项目部章，该结算文件通常具有法律效力。

2. 存在效力瑕疵的情况

   • 合同明确约定：若双方签订的建设工程合同中明确约定了工程结算必须加盖公司公章或合同专用章才有效，那么仅加盖项目部章的结算文件可能会被认定为无效。例如，甲乙双方签订的《建设工程施工合同》中若明确约定所有涉及工程价款结算的文件必须加盖双方公司公章方为有效，则乙方（施工单位）仅在结算文件上加盖项目部章时，甲方有权以不符合合同约定为由对该结算文件不予认可。
   • 相对方未尽合理审查义务：如果相对方知道或者应当知道项目部章不能代表施工单位进行工程结算，却仍然接受加盖项目部章的结算文件，可能会影响结算文件的效力。例如，若建设单位已收到施工单位的书面通知，明确告知项目部章仅用于工程资料管理，不得用于工程结算，但建设单位仍然接受加盖项目部章的结算文件，则该结算文件的效力可能不被法院认可。
   • 无代理权或超越代理权：如果加盖项目部章的人员没有得到施工单位的授权，或者超越了授权范围进行工程结算，且相对方对此应当知晓，那么该结算行为可能被认定为无效。例如，项目部的一名普通工作人员，在未得到施工单位授权的情况下擅自使用项目部章与建设单位进行结算，若建设单位明知该工作人员无结算权限仍与其进行结算，则这种结算行为可能不具有法律效力。
   • 项目部未获授权：如果项目部并未获得公司的明确授权，只是公司内部的一个管理机构，并没有对外效力，那么盖有项目部章的结算单可能无效。

3. 纠纷解决方式

   • 如果在工程结算中因加盖项目部章的结算文件效力问题产生纠纷，当事人可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在处理纠纷时，法院会综合考虑各种因素来认定结算文件的效力，包括合同约定、交易习惯、相对方是否尽到合理审查义务等。

法律建议：

• 为确保工程结算单的法律效力和避免后续纠纷，建议使用公司的公章或合同专用章进行盖章。
• 如确需使用项目部章，应在相关合同或协议中明确约定项目部章在工程结算等特定事项上的法律效力，并确保双方对此均无异议。
• 无论是公章、合同专用章还是项目部章，都应加强管理，确保印章的合法、合规使用，防止因印章管理不善而带来的法律风险。

如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供进一步的法律建议。