非法占用农用地罪主要由自然资源主管部门（原国土资源部门）负责监管和查处。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据与职责划分

1. 《中华人民共和国土地管理法》第七十七条明确规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。这一条款直接赋予了自然资源主管部门对非法占地行为的执法权。
2. 部门职能定位上，自然资源主管部门承担保护与合理利用土地资源等自然资源的职责，其内设的执法监察机构专门负责土地违法案件的立案查处工作。
3. 协同管理机制方面，在涉及农村集体土地时，农业农村主管部门可依据《土地管理法》第六十二条处理村民违规建房问题；构成犯罪的案件需移送公安机关追究刑事责任。但核心监管责任仍归属于自然资源主管部门。

具体执行流程

1. 线索发现：自然资源主管部门通过卫片执法检查、群众举报、日常巡查等途径获取非法占地线索。
2. 调查取证：执法人员现场勘查测量，收集用地合同、建设图纸等证据材料。
3. 行政处罚：依法作出责令退还土地、拆除建筑物、恢复土地原状并处罚款的决定。例如，依据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十七条，依照《土地管理法》第七十七条的规定处以罚款的，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。
4. 强制执行：当事人拒不履行时，自然资源主管部门申请法院强制执行拆除违建物。
5. 整改验收：完成土地复垦后组织验收，确保耕地种植条件恢复。

典型案例说明

• 某企业未批先建厂房案：自然资源局通过卫星影像发现违法占地行为，经立案调查发现该企业未经审批占用农用地建设厂房。最终依法作出拆除违建、恢复土地原状并处以罚款的行政处罚。
• 个人侵占集体土地建房案：村民李某擅自占用村集体土地扩建住宅，乡镇自然资源所联合村委会开展调查，确认其违反土地利用总体规划后，责令限期拆除非法建筑。

构成犯罪时的处理

如果非法占用农用地行为构成犯罪，即非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，依照《中华人民共和国刑法》第三百四十二条的规定，以非法占用耕地罪定罪处罚。此时，自然资源主管部门会将案件移送公安机关追究刑事责任。根据《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第三条，非法占用耕地“数量较大”，是指非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上；非法占用耕地“造成耕地大量毁坏”，是指行为人非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染。

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