非法占用土地罪（特指非法占用农用地罪）的立案工作主要由公安机关负责。以下是对此问题的详细分析：
一、立案部门
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，非法占用土地罪（非法占用农用地罪）作为刑事案件，其立案侦查工作主要由公安机关负责。公安机关在接到报案、控告、举报或自行发现犯罪线索后，会依法进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，会立案侦查。
二、立案标准
非法占用农用地罪的立案标准主要依据被非法占用的土地类型、数量以及造成的毁坏程度。具体来说，包括以下几个方面：
非法占用耕地：
- 非法占用永久基本农田五亩以上；
- 非法占用永久基本农田以外的耕地十亩以上；
- 非法占用耕地进行非农业建设（如建窑、建坟、建房等），造成基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或严重污染。
非法占用林地：
- 非法占用并毁坏防护林地或特种用途林地单种或合计五亩以上；
- 非法占用并毁坏其他林地十亩以上；
- 若非法占用上述两类林地中一项数量达到规定标准的百分之五十以上，且两项数量合计达到该项规定的数量标准，亦应立案追诉。
非法占用草原：
- 非法占用草原二十亩以上；
- 曾因非法占用草原受过行政处罚，在三年内又非法占用草原十亩以上，改变被占用草原用途。
其他情形：
- 非法批准征用、占用基本农田10亩以上，或其他耕地30亩以上，或其他土地50亩以上；
- 虽未达到上述数量标准，但造成有关单位、个人直接经济损失30万元以上的，也应予立案追诉。
三、法律适用与综合判断
在判断是否构成非法占用土地罪时，除了考虑上述具体的数量标准外，还需结合以下因素进行综合判断：
- 违反土地管理法规：行为人必须违反了《土地管理法》、《森林法》、《草原法》等相关法律法规及行政规章中关于土地管理的规定。
- 改变土地用途：行为人非法占用农用地后，改变了其原有的农业用途，进行了非农业建设或活动。
- 毁坏程度：非法占用的土地造成了大量毁坏或严重后果，包括土地的物理破坏、生态功能丧失、种植条件严重受损等。
- 主观故意与行为方式：考虑行为人的主观故意、行为方式、占用时间、造成的后果等多方面因素。
四、建议与注意事项
- 及时报案：如果发现有人非法占用土地，应及时向当地公安机关报案，提供相关证据和线索。
- 咨询专业律师：在涉及非法占用土地罪的案件中，由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。不过，作为南辉律师，我擅长刑事辩护和拆迁安置领域，你可以直接向我咨询相关问题。
- 关注法律政策变化：随着司法实践和法律政策的发展，相关立案标准可能会有进一步调整和细化。因此，在实际操作中，应密切关注最新的法律法规和司法解释。
综上所述，非法占用土地罪的立案工作主要由公安机关负责，并需依据具体的立案标准进行综合判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。