结论前置：关于侵占耕地罪的管辖部门，这并非一个直接的“罪名”对应问题，因为“侵占耕地”可能涉及多种违法行为，具体由哪个部门管辖需根据违法行为的性质和情节来判断。一般来说，可能涉及的部门包括农业农村主管部门、乡（镇）人民政府、自然资源主管部门以及公安机关。

详细分析：

1. 农业农村主管部门（或农村土地承包管理部门）：

   • 职责：农业农村主管部门负责处理农村土地承包经营权纠纷，包括土地被侵占的情况。如果侵占行为主要涉及农村土地承包经营权的侵害，那么农业农村主管部门是主要的管辖部门。
   • 处理方式：当事人可以请求该部门调解解决纠纷。如果调解不成，还可以选择仲裁或直接向人民法院提起诉讼。

2. 乡（镇）人民政府：

   • 职责：乡（镇）人民政府在农村土地管理中扮演着重要角色，对于农村土地被侵占的问题，有责任进行调处。特别是当侵占行为发生在个人之间或个人与单位之间时，乡（镇）人民政府是直接的管辖部门。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

3. 自然资源主管部门（原国土资源部门）：

   • 职责：自然资源主管部门负责土地的管理和监督工作，对于非法占用农用地等违法行为有查处职责。如果侵占行为涉及未经批准擅自占用耕地进行非农业建设，那么自然资源主管部门是主要的管辖部门。
   • 处理方式：当事人可以向自然资源主管部门举报，由其依法进行调查处理，包括责令退还非法占用的土地、拆除违法建筑等。

4. 公安机关：

   • 适用情况：如果侵占行为涉及违法犯罪，如故意毁坏财物罪、非法占用农用地罪等，那么公安机关将介入调查和处理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于构成犯罪的行为，将依法追究刑事责任。如果侵占耕地的行为已经构成了犯罪，那么公安机关将负责刑事案件的侦查和移送起诉工作。

额外建议：

• 在处理侵占耕地问题时，务必准备好相关证据，如土地承包经营权证、土地使用权证或其他能证明合法权益的文件。
• 如果对具体管辖部门有疑问或不确定，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供更详细的法律建议。

综上所述，侵占耕地罪的管辖部门并非单一，而是根据违法行为的性质和情节来判断。在处理此类问题时，建议根据实际情况选择合适的管辖部门，并准备好充分的证据以维护自身权益。