非法占用农用地罪通常由犯罪地的公安机关（一般属于治安或环境资源犯罪侦查部门）管辖，若由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可由其管辖。以下是对此问题的详细分析：

一、立案管辖

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，非法占用农用地罪的立案管辖主要遵循以下原则：

1. 犯罪地管辖：这是主要的管辖原则，犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。

   • 犯罪行为发生地：指非法占用农用地的行为实际发生的地点。例如，如果某人在某块农用地上未经批准擅自建房，那么这块农用地就是犯罪行为发生地。
   • 犯罪结果发生地：指由于非法占用农用地行为导致的结果（如土地毁坏）发生的地点。例如，非法占用农用地导致土地肥力下降、水土流失等后果，那么这些后果发生的地点就是犯罪结果发生地。

2. 居住地管辖：如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可以由其管辖。这通常适用于犯罪嫌疑人居住地与犯罪地相隔较远，或者犯罪嫌疑人在居住地有更大社会影响等情况。

在公安机关内部，非法占用农用地罪这类涉及环境资源的犯罪，往往由治安部门或专门的环境资源犯罪侦查部门负责。这些部门具备专业的知识和经验，能够更有效地处理此类犯罪。

二、审判管辖

虽然用户主要询问的是立案管辖，但了解审判管辖也有助于全面理解非法占用农用地罪的管辖问题。审判管辖主要包括级别管辖和地域管辖：

1. 级别管辖：基层人民法院通常管辖第一审普通刑事案件，因此非法占用农用地罪一般由犯罪地的基层人民法院管辖。如果案件涉及面广、影响重大或需要指定其他法院管辖，上级人民法院可以依法指定管辖。

2. 地域管辖：以犯罪地管辖为主，被告人居住地管辖为辅。即主要由非法占用农用地行为发生地的法院管辖，但如果被告人居住地的人民法院审判更为适宜，也可以由其管辖。

三、实际案例与建议

在实际操作中，如果发现有人非法占用农用地，可以向当地公安机关报案。公安机关会根据案件情况，决定是由犯罪地公安机关还是居住地公安机关管辖。如果案件进入审判阶段，法院会根据级别管辖和地域管辖的原则，确定由哪个法院进行审判。

建议：如果您遇到非法占用农用地的情况，建议及时收集相关证据，如现场照片、视频、证人证言等，并向当地公安机关报案。同时，您也可以咨询专业律师，了解更详细的法律程序和维权途径。

希望以上分析能够对您有所帮助。如果您还有其他关于房产问题（特别是农村土地/宅基地方面）的法律疑问，欢迎直接向我咨询。