旷工扣三倍工资一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

从这一规定可以看出，用人单位因劳动者旷工而扣除工资，需要满足一定条件，且扣除比例有明确限制，并非可以随意扣除三倍工资。旷工本身并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，即使造成了损失，扣除工资也需遵循上述比例限制。

实际操作角度

1. 劳动合同约定：如果劳动合同中明确约定了旷工扣除三倍工资的条款，该条款是否有效呢？根据《劳动合同法》第二十六条，下列劳动合同无效或者部分无效：（一）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；（三）违反法律、行政法规强制性规定的。旷工扣除三倍工资的约定，违反了《工资支付暂行规定》中关于工资扣除比例的限制，属于违反法律、行政法规强制性规定的情形，因此该条款是无效的。
2. 规章制度规定：有些用人单位会在规章制度中规定旷工扣除三倍工资。但根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果用人单位的规章制度未经上述法定程序制定，或者未公示、告知劳动者，那么该规章制度对劳动者不产生法律效力，其中关于旷工扣除三倍工资的规定也就无效。

可能的法律后果

如果用人单位违法扣除劳动者三倍工资，劳动者可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：劳动者可以与用人单位沟通，说明旷工扣除三倍工资是不合法的，要求用人单位补发被扣除的工资。
2. 向劳动监察部门投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对用人单位的违法行为进行调查处理，责令用人单位限期支付被扣除的工资。
3. 申请劳动仲裁：如果与用人单位协商不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资及可能的经济补偿。

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