结论前置：公司与员工协商解除劳动合同但赔偿金标准达不成一致时，员工在特定条件下有权申请劳动仲裁。具体能否仲裁，取决于协商解除的过程、协议内容是否存在法律瑕疵或未履行的争议事项，以及是否遵守了仲裁时效的规定。
一、可以申请仲裁的情形
协商过程存在违法情形：
- 如果公司在协商解除劳动合同时，采取了欺诈、胁迫或利用员工的困境迫使其签订解除协议，那么该协议可能被视为无效。员工有权在知道或应当知道撤销事由之日起一年内申请仲裁，请求撤销该协议，并可能要求恢复劳动关系或获得相应的赔偿。
协议内容存在争议：
- 当协商解除的协议内容存在重大误解，即员工对协议的重要内容有错误认识，或者协议中的权利义务明显不对等、显失公平时，员工可以在一定期限内申请仲裁，请求变更或撤销该协议。例如，若公司给予的经济补偿远低于法定标准，员工就有权提出仲裁。
公司未履行协议义务：
- 如果协商解除劳动合同后，公司未按照协议的内容履行相关义务，如未按时支付经济补偿金、加班工资或其他劳动报酬，员工可以通过仲裁来维护自己的权益，要求公司履行协议约定的义务。
二、不可以申请仲裁的情形
- 如果协商解除劳动合同是双方真实意愿的体现，且协议内容符合法律规定，不存在上述可撤销或争议的情形，并且双方已经按照协议履行了各自的义务，那么员工再申请仲裁通常不会被支持。因为仲裁机构会认为双方已经通过协商解决了所有争议。
三、仲裁时效
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这一时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工在发现自己的权益受到侵害时，应及时收集证据并在仲裁时效内提起仲裁申请。
四、具体建议
保留证据：
- 在协商解除劳动合同的过程中，员工应保留好所有与协商相关的证据，如书面协议、邮件、短信、录音等，以备不时之需。
仔细阅读协议：
- 在签订解除协议前，员工应仔细阅读并理解协议的所有内容，特别是关于经济补偿、劳动报酬、加班工资等重要劳动权益的约定。如果发现协议中存在不公平或不合理的条款，应及时提出并与公司进行协商修改。
及时行动：
- 如果员工认为自己的权益受到了侵害，应及时采取行动，包括收集证据、咨询法律意见，并在仲裁时效内向仲裁机构提起仲裁申请。
具体计算赔偿金（如适用）：
- 如果员工想要计算自己应得的赔偿金，可以根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定进行计算。例如，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（工作年限不足一年的按比例计算，如0.5年则计算为0.5个月工资）。
综上所述，公司与员工协商解除劳动合同但赔偿金标准达不成一致时，员工是否可以申请仲裁取决于具体的协商过程和协议内容以及是否存在违法或违约行为。员工应充分了解自己的权益和仲裁的相关规定，以便在必要时采取适当的行动来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。