结论：违纪公务员干部在接受纪检部门调查期间，若已被限制人身自由，其工资发放情况需根据具体情形及法律法规综合判断。一般来说，若未被正式处分或判决有罪，工资可能继续发放或按一定比例发放生活费；若被正式处分或判决有罪，则工资发放将受到相应影响。
一、工资发放的基本原则与规定
一般情况：
- 公务员在接受纪检部门调查期间，若未被限制人身自由且未受到正式处分，其工资原则上应继续发放。这是因为，仅被调查并不等同于犯罪事实成立，公务员在此期间仍享有其应有的权利和义务。
特殊情况：
- 若公务员因违纪行为被正式处分，如停职、撤职等，其工资发放将受到相应影响。具体来说，根据《关于公务员被采取强制措施和受行政刑事处罚工资待遇处理有关问题的通知》等相关规定，若公务员被羁押、被判处管制、拘役、有期徒刑宣告缓刑等，羁押期间将停发工资待遇，改按原基本工资的75%计发生活费，且不计算工作年限。
二、实际操作中的影响因素
调查进展与结果：
- 调查进展和结果对工资发放有直接影响。若调查结束后，公务员被认定无违纪或违纪情节轻微，未受到正式处分，其工资应恢复正常发放。若被认定有严重违纪行为并受到正式处分，则工资发放将按相关规定调整。
单位决定：
- 所在单位在调查期间可能会根据案件具体情况、公务员工作表现以及单位内部管理规定，自主决定是否暂停发放工资。但这一决定应基于合法合规的前提，且需符合相关法律法规的规定。
三、具体情形下的工资发放
被限制人身自由但未被正式处分：
- 在此情形下，公务员的工资发放可能继续，但具体发放比例和方式可能因单位规定而异。有些单位可能会选择全额发放工资，以体现对公务员的信任和支持；有些单位则可能会选择按一定比例发放生活费，以体现对公务员违纪行为的警示和约束。
被限制人身自由且被正式处分：
- 若公务员因违纪行为被正式处分，如停职、撤职等，其工资发放将按相关规定调整。具体来说，若被停职，可能只发放基本生活费；若被撤职，则可能完全停发工资。此外，若公务员因违纪行为被判处刑罚，其工资发放还将受到刑事处罚的影响。
四、法律依据
- 《中华人民共和国公务员法》及相关通知、规定，对公务员的工资待遇、处分以及在特定情况下的工资待遇处理进行了明确规定。这些法律法规是判断公务员在接受纪检部门调查期间工资发放情况的重要依据。
五、综合分析与建议
在处理违纪公务员干部在接受纪检部门调查期间的工资发放问题时，应综合考虑法律法规、单位决定、调查进展及结果等多方面因素。建议相关单位在制定具体政策时，明确工资发放的标准和程序，确保既维护公务员的合法权益，又体现法律的严肃性和公正性。同时，公务员也应积极配合调查，如实说明情况，以争取更好的处理结果。
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