结论：在老公与小三相互有转账记录的情况下，起诉小三后，这些转账记录通常不会相互抵扣，但具体是否返还及返还金额需根据转账性质、资金来源及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、转账记录的法律性质与返还原则
夫妻共同财产与平等处理权：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，一般属于夫妻共同财产，双方对共同财产享有平等的处理权。若老公未经妻子同意，擅自将夫妻共同财产赠与小三，该行为侵犯了妻子的合法权益，妻子有权要求返还。
转账记录作为证据：
- 转账记录是证明转账行为实际发生及其性质（如赠与）的重要证据。若转账使用的是夫妻共同财产，且未用于家庭日常生活需要，妻子有权基于这些转账记录起诉小三，要求返还财产。
返还原则：
- 返还的金额通常限于夫妻共同财产中老公擅自赠与小三的部分。若小三也有向老公转账，且这些转账不构成对夫妻共同财产的侵害（如小三使用个人财产转账），则这些转账通常不会与老公赠与小三的转账相互抵扣。
二、不同转账情况下的法律分析
老公赠与小三的转账：
- 若老公使用夫妻共同财产赠与小三，且转账金额较大、明显超出家庭日常生活需要，该赠与行为可能因违反公序良俗而无效。妻子有权起诉小三，要求返还全部或部分赠与财产。
小三向老公的转账：
- 若小三向老公的转账使用的是其个人财产，且这些转账不构成对夫妻共同财产的侵害（如小三出于个人情感、借贷等原因转账），则这些转账通常不会被视为对老公赠与行为的抵扣。妻子在起诉小三要求返还赠与财产时，这些转账通常不会被考虑在内。
- 若小三向老公的转账实际上是对老公之前赠与行为的返还，或者存在其他合法原因（如借贷关系），则这些转账可能会影响最终返还金额的确定。但这种情况需要具体证据支持，且法院会综合考虑双方转账的性质、目的及法律规定进行判断。
三、诉讼流程与注意事项
诉讼流程：
- 准备材料：撰写起诉状，详细说明事情经过、双方身份信息、诉讼请求（如要求确认赠与行为无效并返还财产）等，并整理好所有相关证据（如转账记录、沟通记录等）。
- 立案：向有管辖权的法院提交起诉状和证据材料，法院经审查符合立案条件的，会予以受理。
- 审理与判决：法院受理后会安排开庭审理，双方进行举证、质证、辩论等环节。法院最终会根据事实和法律作出判决，确认赠与行为是否无效及返还金额。
注意事项：
- 证据收集：除了转账记录外，还应尽可能搜集其他相关证据（如聊天记录、照片等），以形成完整的证据链，证明转账的性质是赠与且款项来源于夫妻共同财产。
- 法律适用：在起诉前，应了解具体的法律程序和可能遇到的风险，确保自身权益得到最大保障。例如，需注意诉讼时效问题（一般为三年），以及财产保全措施的应用（防止小三在诉讼期间转移、隐匿财产）。
- 个人财产与共同财产的区分：若转账的钱是老公的个人财产（如婚前财产或婚后约定为个人所有），则妻子通常不能起诉小三要求返还。因此，在起诉前需明确转账资金的来源。
四、实际案例与启示
- 实际案例：在类似案件中，法院通常会根据转账记录、沟通记录等证据，判断转账的性质是否为赠与，以及款项是否来源于夫妻共同财产。若确认赠与行为无效且款项来源于夫妻共同财产，法院会判决小三返还全部或部分赠与财产。
- 启示：在处理此类纠纷时，应注重证据的收集和法律的适用。同时，应明确个人财产与共同财产的界限，避免在诉讼中因证据不足或法律适用错误而遭受损失。
总结与建议：在老公与小三相互有转账记录的情况下，起诉小三后这些转账记录通常不会相互抵扣。但具体是否返还及返还金额需根据转账性质、资金来源及法律规定综合判断。若你面临此类纠纷，建议及时收集证据并咨询专业律师（即我本人），以便更好地维护自身权益。