结论：扣工资超过三天是否合法，主要取决于用人单位是否有合法合理的依据、是否遵循了相关程序以及是否符合法律法规的规定。以下从多个角度进行详细分析：
合法情况
规章制度依据明确且程序合法：
- 如果用人单位通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定在某些情形下（如旷工、迟到早退达到一定次数等）可以扣除相应工资，且扣除天数（包括超过三天）在合理范围内，则此扣除行为具有合法性基础。这是用人单位行使用工管理自主权的重要体现，旨在维护正常的生产经营秩序。
劳动者原因造成经济损失：
- 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。在此情况下，如果扣除的工资超过三天但符合上述限额和最低工资标准要求，则可能是合法的。
员工请事假或法定代扣：
- 员工请事假期间，用人单位有权不支付该期间工资，这不属于“扣工资”范畴，而是正常的工资计发方式。如果员工请事假超过三天，用人单位不支付这期间的工资，是合法的。
- 法律法规明确规定的其他情况，如法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等，用人单位也可依法代扣，不受三天限制。
不合法情况
缺乏规章制度依据或程序不合法：
- 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除工资行为缺乏合法性基础，即使扣除天数不超过三天也可能不合法，超过三天则更不合法。
无故克扣工资：
- 在劳动者正常工作、无违规违纪行为的情况下，用人单位无故克扣超过三天的工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
扣除比例或剩余工资不符合规定：
- 即使因劳动者原因造成经济损失，如果用人单位扣除的工资比例超过当月工资的20%，或者扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，也是违法的。
劳动者应对措施
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
示例说明：假设某员工因旷工被用人单位扣除五天工资，如果用人单位的规章制度明确规定了旷工可以扣除工资，且该制度经过民主程序制定并已向员工公示，同时扣除的工资比例未超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准，则这种扣除可能是合法的。反之，如果用人单位没有合法有效的规章制度作为依据，或者扣除方式违反了法律规定，则直接扣除五天工资是不合法的。
总结建议：扣工资超过三天是否合法需根据具体情况判断。劳动者应了解相关法律法规，保护自己的合法权益；用人单位也应遵守法律规定，合理行使用工管理权。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。