离职扣三天工资是否合法，需结合具体情况判断，以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
劳动者享有劳动报酬权：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三条和第五十条的规定，劳动者有取得劳动报酬的权利，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论劳动者离职的原因是什么，只要其提供了劳动，就应当获得相应的报酬。
用人单位的扣款权限受限：
- 用人单位可以代扣劳动者工资的法定情形主要包括个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。除此之外，用人单位不得随意克扣劳动者工资。因此，离职扣三天工资并不属于法定扣款情形。
规章制度需合法有效：
- 如果用人单位想通过制定规章制度的方式来规范员工离职行为并设定相应的经济处罚措施，那么这些规章制度必须内容合法、程序民主且经过公示告知全体员工。否则，这些规章制度对劳动者不具有约束力。
二、具体情况分析
规章制度明确且合法的情况：
- 如果用人单位的规章制度明确规定了员工离职需要扣除一定天数的工资作为违约金或其他费用，并且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示，那么在符合法律规定的条件下（如扣除金额不超过法定标准，且该扣除与员工的实际损失相关联），这种扣款可能是合法的。但需注意，实践中很少有规章制度能完全满足这一条件，且离职扣工资作为违约金通常不被法律所支持。
规章制度不明确或违法的情况：
- 如果用人单位没有明确的规章制度规定员工离职需要扣工资，或者规章制度本身存在违法之处（如未经民主程序制定、未向员工公示等），那么用人单位无权擅自扣除员工工资。在这种情况下，离职扣三天工资是违法的。
实际损失赔偿的情况：
- 如果员工的离职行为给用人单位造成了实际经济损失（如招聘费用、培训费用、生产延误损失等），用人单位可以要求员工承担相应的赔偿责任。但这种赔偿必须以实际损失为限，且需要提供充分的证据支持。同时，这种赔偿与工资支付是两个独立的问题，用人单位不能因要求赔偿而擅自扣除员工工资。
三、法律风险与后果
劳动纠纷风险增加：
- 用人单位擅自扣除员工工资可能引发劳动纠纷，导致劳动仲裁或诉讼。一旦败诉，用人单位不仅需要补发工资，还可能面临支付赔偿金等法律责任。
损害企业声誉：
- 不规范的用工管理会损害企业的社会形象和声誉，影响企业的长期发展。因此，用人单位应当遵守法律法规，规范用工管理，保障劳动者的合法权益。
四、建议与行动
与用人单位协商：
- 如果劳动者遇到离职扣工资的情况，首先可以尝试与用人单位进行友好协商，要求其支付应得的工资。
投诉举报：
- 如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门进行调查并责令用人单位限期支付工资。
申请仲裁或诉讼：
- 如投诉仍无法解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律程序追讨工资及可能的经济补偿。
总结来说，离职扣三天工资是否合法取决于具体情况。如果用人单位没有合法依据擅自扣除工资，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。