结论前置：公司因员工迟到等轻微过失而扣除超过一天工资的行为，通常是不合法的。根据相关法律法规，用人单位对员工的罚款或扣款有严格的限制，且必须遵循法定程序和规定。
一、合法性分析
劳动法律法规的保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有明确的法律依据和合理的扣款理由，否则用人单位不得随意扣款。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步明确，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求其赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定限制了用人单位扣款的幅度，确保劳动者的基本生活不受影响。
规章制度的合法性要求：
- 用人单位制定的劳动规章制度必须符合法律规定，且涉及劳动者切身利益的规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。如果规章制度中的扣款规定超过了法律规定的上限，或者未经合法程序制定和公示，那么该条款可能因违法而无效。
二、劳动者权益保护
询问与解释权：
- 劳动者有权向用人单位询问扣款原因，并要求得到合理解释。若扣款原因不明确或不合理，劳动者可以提出异议，并要求用人单位纠正错误。
协商与投诉：
- 在发现扣款不合理时，劳动者首先应与用人单位进行沟通协商，要求纠正错误并退还多扣的工资。
- 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将对用人单位进行监督检查，并可能责令其改正违法行为，给予处罚，并帮助劳动者追回被扣的工资。
仲裁与诉讼：
- 若劳动监察部门的处理未能解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位退还多扣的工资，并可能获得相应的经济补偿。
- 对仲裁裁决不服的，劳动者还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
三、建议与措施
完善规章制度：
- 用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，明确迟到等违规行为的处罚标准，并确保该标准不超过法律规定的上限。同时，规章制度应经合法程序制定和公示，确保劳动者的知情权。
合理处罚：
- 对于迟到等违规行为，用人单位应采取合理、适度的处罚措施。例如，可以根据迟到时间的长短扣除相应时间未提供劳动部分的时薪工资，而不是直接扣除一天的工资。
加强沟通与协商：
- 用人单位在与劳动者处理扣款等争议时，应加强沟通与协商，尊重劳动者的权益和意见。通过友好协商解决问题，不仅可以维护劳动关系的和谐稳定，还可以避免不必要的法律纠纷。
总结：公司因员工迟到而扣除超过一天工资的行为，在法律上可能构成对劳动者合法权益的侵害。劳动者有权通过询问、协商、投诉、仲裁或诉讼等方式来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应依法制定和完善劳动规章制度，确保对劳动者的处罚合理、合法。如果您遇到类似的问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。