结论：公司以补贴形式代替足额缴纳员工社保的行为不合法。以下从多个角度详细分析：

1. 法律强制性规定角度

根据《社会保险法》第五十八条、第六十条明确规定，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按时足额缴纳社会保险费（包括养老、医疗、失业、工伤、生育五项）。“足额”是法律底线，即缴费基数需按员工实际工资水平确定（不得低于当地社平工资60%，不得高于300%），而非由公司单方面决定降低基数后以现金补贴弥补。

风险点：

• 若公司未按实际工资缴纳社保，即使已将差额以补贴形式发放给员工，仍构成“未依法缴纳社会保险费”的违法行为。
  
• 员工有权向当地社保部门投诉，公司可能面临补缴社保、滞纳金（每日万分之五）及罚款（欠缴数额1-3倍）的行政处罚（《社会保险法》第八十六条）。

2. 补贴协议效力角度

即使公司与员工签订书面协议，约定“降低社保缴费基数，公司以现金补贴补偿”，此类协议也因违反法律强制性规定而无效。
法律依据：

• 《劳动合同法》第二十六条明确，违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同条款无效。
  
• 社保缴纳义务是法定的，不能通过双方约定排除或变更。

风险点：

• 员工可随时主张协议无效，要求公司补缴社保差额，且公司已发放的补贴可能无法从应补缴金额中抵扣。
  
• 若员工因此离职，可能以“未依法缴纳社保”为由主张经济补偿金（《劳动合同法》第三十八条、第四十六条）。

3. 员工权益保护角度

社保补贴看似增加了员工当前收入，但实际损害了其长远利益：

• 养老金：缴费基数低导致退休后领取的养老金减少；
  
• 医保报销：缴费基数低可能影响医保账户余额及报销上限；
  
• 工伤待遇：工伤赔偿标准与缴费基数挂钩，基数低则赔偿少；
  
• 失业金：领取金额和期限与缴费基数相关。

建议：

• 公司应立即停止此类操作，按实际工资水平为员工足额缴纳社保；
  
• 若已发放补贴，可与员工协商，将补贴转化为其他合法福利（如补充商业保险、住房补贴等），但需确保不与社保缴纳义务冲突；
  
• 员工若发现公司违规，可先与公司协商补缴，协商不成可向当地社保局或劳动监察大队投诉。

4. 特殊情形说明

若公司因经营困难暂时无法足额缴纳社保，可依法申请缓缴（需符合当地政策条件，如提供担保、承诺补缴期限等），但缓缴期间仍需按最低基数缴纳，且不得以补贴形式替代。

总结：社保缴纳是公司的法定义务，任何以补贴形式规避的行为均违法且风险极高。公司应优先合规经营，避免因小失大；员工也需关注自身社保权益，及时维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。