自建房买卖协议在符合法定条件时是有效的。以下从不同角度为你详细分析：

一、协议有效的基本条件

1. 主体适格：买卖双方必须具备相应的民事行为能力。对于自建房的卖方而言，必须是房屋的合法所有权人，或者经过合法授权能够处分该房屋的人。例如，如果房屋是夫妻共同财产，那么卖方需要得到配偶的同意，否则可能构成无权处分，影响协议的效力。
2. 意思表示真实：买卖双方在签订协议时，必须出于真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能因意思表示不真实而被撤销。
3. 内容合法：协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中不得约定非法转让土地使用权、逃避税收等违法内容。
4. 形式合法：虽然自建房买卖协议不一定需要采用书面形式，但为了保障双方的权益，建议采用书面形式签订协议，并明确约定房屋的基本情况、买卖价格、付款方式、交付时间、违约责任等条款。如果涉及土地使用权的转让，还需要按照相关法律法规的规定办理土地使用权变更登记手续。

二、特殊情况下的协议效力

1. 农村自建房：在农村地区，自建房往往与宅基地使用权紧密相关。根据相关法律法规的规定，宅基地使用权不得单独转让，必须与房屋一并转让。因此，在签订农村自建房买卖协议时，必须确保宅基地使用权的转让也符合法律法规的规定，否则可能影响协议的效力。
2. 小产权房：小产权房是指未经国家批准，在农村集体土地上建设的房屋。由于小产权房没有合法的土地使用权和房屋所有权证书，因此其买卖协议可能存在法律风险。在签订小产权房买卖协议时，必须谨慎对待，并充分了解相关法律法规的规定和政策风险。

三、协议无效或可撤销的法律后果

如果自建房买卖协议因违反法律法规的规定或存在欺诈、胁迫等情形而被认定无效或可撤销，那么双方需要承担相应的法律后果。例如，因协议无效或被撤销而取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方还应当赔偿对方因此所受到的损失。

四、法律建议

1. 在签订自建房买卖协议前，务必了解相关法律法规的规定和政策风险，确保协议的内容合法、有效。
2. 建议采用书面形式签订协议，并明确约定双方的权利和义务，以避免后续纠纷的发生。
3. 如果涉及土地使用权的转让，务必按照相关法律法规的规定办理土地使用权变更登记手续，以确保转让的合法性和有效性。
4. 在签订协议前，可以对房屋进行尽职调查，了解房屋的基本情况、产权状况、是否存在纠纷等信息，以降低交易风险。

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