结论：两个公司一起投标是否合法，主要取决于它们之间是否存在直接控股或管理关系，以及是否满足招标文件的所有要求。在不存在直接控股或管理关系，且满足招标文件要求的前提下，两个公司理论上可以同时参与同一项目的投标。但具体是否允许，还需根据相关法律法规、项目招标要求以及实际情况来判断。
一、法律法规依据与分析
《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条：
- 该条款明确规定，单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。这一规定旨在维护招投标的公平性和竞争性，防止通过关联关系操纵中标结果。
- 分析：如果两个公司之间存在直接控股或管理关系，那么它们同时投标同一标段或未划分标段的同一招标项目，将直接违反这一规定，导致投标无效。
《中华人民共和国政府采购法实施条例》第十八条：
- 该条款也有类似规定，强调存在直接控股或管理关系的不同供应商不得参加同一合同项下的政府采购活动。
- 分析：虽然这一规定主要针对政府采购活动，但其原则同样适用于一般的招投标活动，即防止因关联关系而影响投标的公正性。
二、不同情形及处理方式
存在直接控股或管理关系的情形：
- 情形分析：如果两个公司之间存在直接控股或管理关系，那么它们同时投标同一标段或未划分标段的同一招标项目，将违反上述法规，导致投标无效。
- 处理方式：在这种情况下，两个公司应避免同时投标，或者通过股权调整、管理层变更等方式解除关联关系，以确保投标的合法性。
不存在直接控股或管理关系的情形：
- 情形分析：如果两个公司之间不存在直接控股或管理关系，且它们分别满足招标文件的资格要求，包括资质条件、业绩经验等，那么它们理论上可以同时参与同一项目的投标。
- 处理方式：在这种情况下，两个公司应独立编制投标文件、提交投标保证金等，并接受招标人的资格审查和评标委员会的评审。同时，它们应确保在投标过程中不存在任何协同行为，如统一标书格式、异常一致报价等，以避免被认定为串通投标。
特殊情形：联合体投标：
- 情形分析：如果项目允许联合体投标，且两个公司具备相应资质和能力，它们可以考虑组成联合体参与投标。
- 处理方式：在这种情况下，两个公司应签订共同投标协议，明确各方责任、权利和义务，并共同编制投标文件、提交投标保证金等。同时，它们应确保联合体投标符合招标文件的要求和相关法律法规的规定。
三、投标前的审查与准备
审查企业关系：
- 两个公司在投标前应明确它们之间是否存在直接的控股或管理关系，以确保符合投标资格要求。
遵守法律法规：
- 两个公司应严格遵循相关法律法规和招标文件的要求，确保投标的公正性和透明度。
咨询与准备：
- 在投标前，如有任何疑问或不确定的情况，两个公司应及时向我咨询以获取准确的法律意见。同时，它们应做好充分的准备，包括编制投标文件、准备投标保证金等。
四、可能的法律后果
- 如果两个公司违反相关规定同时投标同一标段或未划分标段的同一招标项目，将面临投标无效、被取消投标资格等法律后果。此外，如果它们的投标行为被认定为串通投标，还可能面临行政处罚甚至刑事责任。
总结与建议：
两个公司一起投标是否合法，主要取决于它们之间是否存在直接控股或管理关系以及是否满足招标文件的所有要求。在不存在直接控股或管理关系且满足招标文件要求的前提下，两个公司理论上可以同时参与同一项目的投标。但为了确保投标的合法性和公正性，两个公司应在投标前进行充分的审查和准备，并遵守相关法律法规和招标文件的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。