借款时扣除会员费是否合法，需分情况讨论：
若会员费与借款无直接关联，且未经借款人同意：
- 不合法。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。借款的利息不得预先在本金中扣除，利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。虽然此条款直接提及的是利息，但借款时扣除会员费，若该会员费并非借款的必要费用或双方约定的合理费用，且未经借款人明确同意，那么这种扣除行为实质上减少了借款人实际获得的借款金额，侵犯了借款人的合法权益，因此是不合法的。
若会员费是借款的必要费用，且经借款人同意：
- 可能合法，但需谨慎审查。在某些特定情况下，如借款平台提供会员服务，且该服务与借款直接相关（如提供更便捷的借款渠道、更低的利率等），且借款人在借款时明确同意扣除会员费作为借款的一部分条件，那么这种扣除行为可能是合法的。但即便如此，也需确保会员费的收取标准合理，且借款平台已充分履行告知义务，避免存在欺诈或误导借款人的情况。
若会员费实为变相利息或高额费用：
- 不合法，且可能涉及高利贷。如果借款平台以会员费的名义收取高额费用，实质上是为了规避法律对利息的限制，那么这种行为是不合法的。根据相关法律法规，民间借贷的利率有上限规定，超出部分的利息不受法律保护。若会员费被认定为变相利息，且超出法定利率上限，那么超出部分将不被法院支持。
法律建议：
- 借款人应仔细阅读借款合同：在签订借款合同前，借款人应仔细阅读合同条款，特别是关于费用扣除的部分，确保自己了解并同意所有费用。
- 保留相关证据：如借款平台在借款时扣除了会员费，借款人应保留好相关证据，如借款合同、转账记录等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
- 及时咨询专业律师：如果借款人对借款合同中的费用扣除条款存在疑问或争议，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求法律帮助。
可能后果：
- 若扣除会员费行为不合法：借款人有权要求借款平台返还被扣除的会员费，并可能要求借款平台承担违约责任或赔偿损失。
- 若涉及高利贷：超出法定利率上限的部分利息将不被法院支持，借款人甚至可能通过法律途径要求借款平台返还已支付的超额利息。
总之，借款时扣除会员费是否合法需根据具体情况判断。借款人在借款前应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务，并在必要时咨询专业律师以维护自己的合法权益。