结论：贷款5000元被扣1240元会员费是否合法，需根据具体情况判断，主要看贷款合同中是否有明确约定以及该约定是否合法合规。
分析如下：
合同约定情况：
- 有明确约定：如果贷款合同中明确写明了需要支付会员费，并且该费用作为贷款条件的一部分被借款人接受，那么从合同法的角度来看，这种扣除可能是合法的。但即便如此，也需进一步审查该约定是否违反了相关法律法规的强制性规定。
- 无明确约定：如果贷款合同中没有明确提及会员费，或者借款人并未同意支付该费用，那么贷款机构擅自扣除会员费的行为则可能构成违约或侵权，借款人有权要求贷款机构返还该费用。
法律法规合规性：
- 利率限制：根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率受到法律保护的上限是合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。虽然会员费并非直接利息，但如果其性质被认定为变相提高贷款利率，则可能受到该规定的限制。
- 费用透明度：贷款机构在收取任何费用时，都应确保费用的透明度和合理性，不得隐瞒或误导借款人。如果会员费的收取方式或金额存在不透明或不合理之处，也可能构成违法。
实际操作建议：
- 审查合同：借款人应仔细审查贷款合同，特别是关于费用收取的条款，确保自己了解并同意所有费用。
- 沟通协商：如果借款人对会员费的收取有疑问或不满，应及时与贷款机构沟通协商，寻求解决方案。
- 法律途径：如果沟通协商无果，借款人可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向当地银保监会投诉、提起民事诉讼等。
举例说明：
假设借款人与贷款机构签订的贷款合同中明确约定了需要支付会员费，且该费用作为贷款条件的一部分被借款人接受。同时，该会员费的收取并未违反相关法律法规的强制性规定，且费用金额合理透明。那么，在这种情况下，贷款机构扣除1240元会员费的行为可能是合法的。然而，如果合同中没有明确约定会员费，或者该费用的收取违反了相关法律法规或合同约定，那么借款人则有权要求贷款机构返还该费用。
后续行动建议：
如果您遇到了类似情况，建议您首先审查贷款合同中的相关条款，了解会员费的收取依据和金额。如果您认为该费用的收取不合理或违法，可以与贷款机构进行沟通协商，寻求解决方案。如果沟通无果，您可以考虑向当地银保监会投诉或提起民事诉讼来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。