牙科诊所未取得辐射安全许可建设使用射线仪器，确实可能面临没收违法所得的处罚，但具体是否没收以及没收的具体数额，需根据实际情况和相关法律法规综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国放射性污染防治法》以及相关配套法规，如《放射性同位素与射线装置安全和防护条例》等，从事放射性同位素和射线装置的生产、销售、使用等活动，必须依法取得辐射安全许可证。未取得许可证而擅自进行相关活动的，属于违法行为。
   • 对于违法行为，相关法律法规通常规定了包括警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业、吊销许可证等在内的多种处罚措施。

2. 没收违法所得的适用条件：

   • 没收违法所得通常适用于违法行为人通过违法行为获得了经济利益的情况。在牙科诊所未取得辐射安全许可而使用射线仪器的案例中，如果诊所因此获得了诊疗费用等经济利益，那么这些利益就可能被认定为违法所得，并面临被没收的处罚。
   • 然而，是否没收违法所得以及没收的具体数额，还需要考虑违法行为的性质、情节、后果以及违法所得的具体数额等因素。例如，如果违法行为情节轻微，且违法所得数额较小，可能不会直接没收违法所得，而是采取其他处罚措施。

3. 实际执法中的考量因素：

   • 在实际执法过程中，监管部门会综合考虑多种因素来决定是否没收违法所得以及没收的数额。这些因素包括但不限于：违法行为的持续时间、违法所得的数额、对环境的潜在危害、是否及时改正违法行为等。
   • 如果牙科诊所在被查处后能够积极配合调查，及时停止违法行为，并采取措施消除对环境的潜在危害，那么监管部门可能会酌情减轻处罚，包括减少或免除没收违法所得的数额。

4. 建议与措施：

   • 对于牙科诊所而言，应严格遵守相关法律法规，确保在取得辐射安全许可证后再使用射线仪器进行诊疗活动。
   • 如果已经存在未取得许可证而使用射线仪器的情况，应立即停止违法行为，并主动向监管部门报告，积极配合调查，争取减轻处罚。
   • 在日常运营中，应加强对相关法律法规的学习和培训，提高法律意识，避免类似违法行为的再次发生。

总结来说，牙科诊所未取得辐射安全许可建设使用射线仪器，确实可能面临没收违法所得的处罚。但具体是否没收以及没收的数额，需根据违法行为的性质、情节、后果以及违法所得的具体数额等因素综合判断。如果您或您的诊所面临类似情况，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。