结论：公司规章制度中规定“迟到3次劝退”是否合法，需从多个角度综合考量，包括规章制度的制定程序、内容合理性、迟到行为的严重性以及辞退程序的合法性。只有在这些方面均符合法律规定时，该规章制度才可能被认定为合法有效。

详细分析：

1. 规章制度的制定程序：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，公司规章制度必须经过民主程序制定，即与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。这是确保规章制度合法有效的关键步骤。
   • 如果规章制度未经民主程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么该规章制度可能被视为无效，以此为依据的辞退行为也将缺乏法律依据。

2. 规章制度的内容合理性：

   • 规章制度中应明确规定何种行为构成严重违反公司制度，包括迟到三次是否属于此类行为。同时，该规定需合理且明确，不能过于严苛或模糊不清。
   • 如果规章制度对迟到的处理过于严苛，如未考虑不可抗力因素导致的迟到，或者对“迟到”的定义不明确，可能被视为显失公平，从而影响其合法性。

3. 迟到行为的严重性：

   • 在判断迟到三次是否足以导致辞退时，还需考虑迟到行为对公司的实际影响。如果员工的迟到行为对公司的正常运营造成了严重影响，如导致生产线停滞、错过重要商务谈判等，那么公司依据规章制度辞退员工可能更具合理性。
   • 反之，如果迟到行为并未对工作造成实质性影响，或者属于偶尔的轻微迟到，那么以此为由辞退员工可能被视为滥用权利。

4. 辞退程序的合法性：

   • 即使规章制度中有明确规定，且迟到行为确实对公司造成了严重影响，用人单位在解除劳动合同时仍需遵循法定程序。这包括但不限于提前通知劳动者、说明辞退的具体原因和依据、听取劳动者的陈述和申辩、办理工作交接等步骤。
   • 如果用人单位未遵循法定程序辞退员工，那么该辞退行为可能被视为违法解除劳动合同。

法律后果与建议：

• 如果用人单位违法解除劳动合同，劳动者有权要求用人单位继续履行劳动合同；若劳动者不要求继续履行或劳动合同已经不能继续履行，用人单位则需依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
• 对于劳动者而言，如果认为公司的辞退行为不合法，可以首先与公司沟通协商，要求说明辞退的具体依据和理由。若协商不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
• 对于公司而言，在制定和执行相关规章制度时务必确保其合法性、合理性及公正性，并在解除劳动合同时谨慎评估迟到行为的严重性以及遵循法定程序。

总结：公司规章制度中规定“迟到3次劝退”是否合法并非一个简单的问题，它取决于多个因素的综合考量。如果你或你所在的公司面临此类问题，建议直接向我咨询以获取更具体、更专业的法律建议。