针对您提出的“合同固定总价已包括甲乙方又另外签证，现在司法鉴定时又不认”的问题，这确实是一个涉及合同解释和司法鉴定程序复杂性的问题。以下是我从不同角度为您进行的分析和建议：
合同解释的角度：
- 首先，需要明确合同中的固定总价条款是否明确包含了所有可能的工作内容或变更。如果合同中有明确的条款说明固定总价是包干价，且涵盖了所有预期和未预期的工作变更，那么乙方在提出额外签证时可能面临一定的法律障碍。
- 然而，如果合同中的固定总价条款表述模糊，或者存在歧义，那么根据《民法典》中关于合同解释的规定，应当倾向于保护相对弱势方的利益，即如果乙方能够证明签证内容确实属于合同范围内但未明确列出的工作，那么这些签证可能被认定为有效。
司法鉴定的角度：
- 司法鉴定是法院或仲裁机构委托专业机构对特定事项进行的技术性评估。如果司法鉴定机构在鉴定过程中不认可乙方提出的签证，可能是因为签证内容超出了合同约定的范围，或者签证的证据不足、不符合鉴定标准等。
- 在这种情况下，乙方可以要求鉴定机构出具详细的鉴定报告，说明不认可签证的具体理由。如果乙方认为鉴定报告存在错误或不合理之处，可以在法庭上提出异议，并申请重新鉴定或补充鉴定。
法律程序的角度：
- 如果双方对签证的有效性存在争议，且无法通过协商解决，那么最终可能需要通过诉讼或仲裁等法律程序来解决。在这个过程中，法院或仲裁机构会综合考虑合同条款、签证证据、鉴定报告以及双方当事人的陈述和辩论等因素来作出裁决。
- 因此，乙方在准备法律程序时，应当充分收集和整理相关证据，包括合同文本、签证单、施工记录、照片、视频等，以证明签证内容的真实性和合理性。
实践建议：
- 加强合同管理：在未来的合同中，应当尽量明确固定总价的具体范围和可能发生的变更情况，以减少类似争议的发生。
- 及时沟通协商：在施工过程中，如果发生需要签证的情况，甲乙双方应当及时沟通协商，并形成书面文件作为合同附件或补充协议。
- 保留完整证据：乙方在施工过程中应当保留完整的施工记录和证据材料，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
综上所述，针对您提出的问题，我建议乙方首先仔细审查合同条款和签证内容，明确双方的权利和义务；其次，如果与甲方无法协商解决争议，可以考虑通过法律程序来维护自己的合法权益；最后，在未来的合同中加强管理和风险控制，以减少类似争议的发生。如果您有任何进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。