结论：乙方已付保证金后，违约责任是否还要求赔付违约金，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。如果合同中明确约定了保证金与违约金可以同时适用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么乙方在违约时，除了可能丧失保证金外，还可能需要支付违约金。反之，如果合同中没有明确约定或者约定不明确，以及约定违反法律法规的强制性规定，那么可能无法同时要求赔付保证金和违约金。
分析说明：
合同约定优先：
- 在合同纠纷中，合同是双方当事人意思自治的体现，合同中的约定具有优先效力。如果合同中明确规定了保证金与违约金的适用方式，比如“乙方违约时，保证金不予退还，并需额外支付合同总金额X%的违约金”，那么这样的约定是有效的，乙方在违约时就需要同时承担保证金丧失和支付违约金的责任。
法律法规的限制：
- 即使合同中有明确约定，也需要遵守相关法律法规的规定。如果合同中的约定违反了法律法规的强制性规定，比如约定的违约金过高，超出了实际损失的合理范围，那么这样的约定可能被法院或仲裁机构调整或认定无效。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但是，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
保证金与违约金的性质：
- 保证金通常是为了确保合同的履行而由一方当事人预先支付给另一方的款项，如果合同顺利履行，保证金会予以退还；如果违约，保证金可能不予退还或作为赔偿的一部分。
- 违约金则是为了惩罚违约行为并补偿守约方因违约所遭受的损失而约定的款项。
- 两者在性质上有所不同，但并非绝对不能同时适用。关键在于合同中的约定以及是否违反法律法规的强制性规定。
特殊场景：
- 如果合同中没有明确约定保证金与违约金的适用方式，或者约定不明确，那么在实际操作中可能会产生争议。此时，双方可以协商解决，如果协商不成，可以诉诸法院或仲裁机构进行裁决。
- 如果合同中的约定违反了法律法规的强制性规定，比如约定的违约金过高或过低，那么法院或仲裁机构会根据实际情况进行调整，以确保公平合理。
行动建议：
- 对于乙方：在签订合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于保证金与违约金的约定部分，确保自己能够理解并接受这些条款。如果对条款有疑问或不满，应及时与甲方沟通协商，进行修改或补充。
- 对于甲方：在制定合同时，应明确约定保证金与违约金的适用方式，并确保这些约定不违反法律法规的强制性规定。同时，也应考虑违约金的合理性，避免过高或过低导致合同无效或产生争议。
- 如果发生争议：双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，比如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
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