总公司签订合同后付款至分公司，在符合相关法律法规、合同约定及公司内部管理规定的前提下，通常是合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律关系与合法性基础
分公司法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽不具备独立法人资格，但在总公司授权范围内可以从事经营活动，包括签订合同和接收款项。
- 总公司对分公司的债务承担最终法律责任，因此，从法律责任的角度看，总公司签合同付款给分公司并不违反法律规定。
合同相对性原则：
- 合同具有相对性，原则上应由合同签订主体（即总公司）履行付款义务。
- 但若合同中明确约定或经对方书面同意，可以将款项支付给分公司，则此付款行为合法有效。
二、实际操作中的合法性判断
合同约定：
- 在签订合同时，应明确约定付款方式、付款主体等条款。若合同中明确允许付款给分公司，则此行为合法。
- 若合同未明确约定，但经对方书面同意，也可以将款项支付给分公司。
分公司资质与授权：
- 分公司应具备独立的营业执照和银行账户，以便接收款项和开具发票。
- 总公司应向分公司出具书面授权，明确其接收款项的权限和范围。
财务与税务合规：
- 付款给分公司应遵循财务规范，确保资金流向清晰、合理，有完整的付款凭证和审批手续。
- 付款行为应符合税务法规要求，避免税务风险。特别是跨地区付款时，需注意税务合规性，如企业所得税的分配和缴纳等。
三、潜在风险与应对措施
合同相对方风险：
- 风险：付款给分公司可能导致发票开具主体与收款主体不一致，影响财务处理和税务抵扣。
- 应对措施：在合同中明确约定允许付款给分公司，并确保发票与付款主体一致；或要求总公司出具书面通知并获取合同相对方的书面确认。
总公司与分公司风险：
- 风险：可能被视为财务不规范操作，引发监管调查；或分公司经营问题导致合同无法履行。
- 应对措施：遵守相关财务和税务规定，确保付款有明确的业务理由和相应支持文件；加强总公司的监管和责任承担，确保分公司有能力履行合同义务。
四、合规性建议
完善合同条款：
- 在合同中详细约定付款条件、方式、时间以及违约责任等条款，为纠纷解决提供法律依据。
遵守公司章程与内部规定：
- 确保付款行为符合公司章程和相关内部规定，避免内部管理风险。
保持财务记录完整：
- 保持准确、完整的财务记录，包括付款凭证、审批手续等，以接受监管机构审查。
避免资产混同：
- 在财务管理上保持总公司和分公司的清晰分离，避免资产、负债等方面的混同。
总结来说，总公司签订合同后付款至分公司，在符合合同约定、分公司具备相应资质、且遵循财务和税务规范的前提下，是合法的。但具体操作时，应确保所有环节均符合相关法律法规的要求，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。