补发加班费一般是按照劳动合同约定的工资标准或者实际发放的工资标准来计算，而非单纯按照底薪或平均工资，具体需分情况讨论：
有劳动合同约定工资标准的情况：
- 如果劳动合同中明确约定了工资标准，且该标准不低于当地最低工资标准，那么补发加班费时，通常会以这个约定的工资标准作为计算基数。例如，劳动合同约定月工资为5000元，那么加班费的计算就会基于这个5000元的标准来进行。
无劳动合同约定或约定不明确的情况：
- 当劳动合同没有约定工资标准，或者约定不明确时，补发加班费的计算基数可能会参照实际发放的工资。这里所说的实际发放工资，通常指的是劳动者在正常工作时间内所获得的工资报酬，它可能包括了底薪、奖金、津贴等各个部分。在这种情况下，加班费的计算就会基于劳动者实际获得的工资水平来进行，以更准确地反映劳动者的实际劳动价值。
- 特殊情况：如果劳动者无法证明实际工资水平，或者用人单位与劳动者对工资标准存在争议，那么可能会参照当地同行业或相近行业的工资水平来确定加班费的计算基数。此外，如果用人单位有明确的工资支付记录或规章制度，且这些记录或制度符合法律法规的规定，那么也可能作为确定加班费计算基数的依据。
关于“平均工资”的理解：
- “平均工资”通常指的是劳动者在一定时期内（如一个月、一年）所获得的工资总额除以该时期内的月数或天数得到的平均值。在补发加班费的语境下，除非有特别约定或法律法规的特别规定，否则一般不会直接以“平均工资”作为加班费的计算基数。因为加班费是对劳动者额外劳动的补偿，其计算应当基于劳动者实际的工作时间和工资水平，而不是一个平均值。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果发现用人单位未按照规定支付加班费，首先应当与用人单位进行协商，要求补发加班费。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应当严格遵守法律法规的规定，按照劳动合同约定的工资标准或者实际发放的工资标准来计算并支付加班费。同时，也应当建立健全的工资支付记录和规章制度，以便在发生争议时能够提供有力的证据。
可能法律后果：
- 如果用人单位未按照规定支付加班费，劳动者有权要求用人单位补发加班费，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿金。在严重的情况下，用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚或者劳动仲裁机构的裁决。
在处理加班费问题时，建议劳动者和用人单位都应当充分了解相关法律法规的规定，并遵循公平、公正、合法的原则来处理相关争议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。