结论：在合作关系中，即使员工持有三甲医院的假条，是否需要对方（通常是雇主或合作方）批准，主要取决于双方之间的合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 合同有明确规定：如果双方签订的合同中明确规定了员工请假需要获得对方批准，那么即使员工持有三甲医院的假条，也仍然需要按照合同约定履行批准程序。这是合同双方意思自治的体现，双方应当遵守。
   • 合同无明确规定：如果合同中没有明确规定请假需要批准，或者规定不明确，那么员工在持有有效医疗证明（如三甲医院假条）的情况下，通常有权自行决定请假，无需额外获得对方批准。但这也可能受到公司规章制度或行业惯例的约束。

2. 法律法规角度：

   • 劳动法相关规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工因病需要休息时，有权享受医疗期，并在此期间获得病假工资或医疗补助。在医疗期内，员工通常无需额外获得雇主批准即可请假，但需提供有效的医疗证明。然而，具体规定可能因地区和行业而异，需结合当地法律法规进行判断。
   • 合作合同特殊性：如果双方签订的是合作合同而非劳动合同，那么请假批准问题可能更多地依赖于合同约定和双方协商。在合作合同中，双方可以自由约定各自的权利和义务，包括请假批准程序。

3. 实际操作建议：

   • 查阅合同：首先，建议查阅双方签订的合同，明确其中关于请假批准的规定。
   • 沟通协商：如果合同中没有明确规定或规定不明确，建议与对方进行沟通协商，明确请假批准程序和要求。
   • 遵守法律法规：在请假过程中，务必遵守相关法律法规的规定，如提供有效的医疗证明、遵守医疗期规定等。
   • 保留证据：为了维护自身权益，建议在请假过程中保留好相关证据，如医疗证明、请假申请、批准记录等。

特殊情况说明：如果员工因病情严重或紧急情况无法事先获得批准，且能提供充分证据证明其请假合理性（如三甲医院出具的紧急病假证明），那么在这种情况下，即使合同或规章制度中有批准要求，员工也可能因特殊情况而免于承担违约责任。但具体仍需结合合同约定和当地法律法规进行判断。

后续行动建议：如果您在请假批准问题上遇到纠纷或不确定如何处理，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。