结论：事业单位员工请病假超过半年，绩效工资的扣除方式并非固定为“扣两次”，而是需依据所在地区、单位的具体规章制度以及相关政策来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、病假期间绩效工资扣除的一般原则

1. 短期病假：对于短期病假（如几个工作日以内），部分单位可能不会扣除绩效工资，但也有单位会根据病假天数按比例扣除部分绩效。具体扣除比例需参照单位规定。

2. 长期病假：当病假达到一定时长（如超过一个月），绩效工资的扣除比例往往较高。一般地，病假超过一定期限后，可能会按一定比例（如90%）发给基本工资，并可能扣除全部绩效工资。但“扣两次”的说法并不准确，因为绩效工资的扣除通常是根据病假时长和单位规定来一次性确定的，而非分次扣除。

二、具体扣除方式需参照单位规定

• 事业单位在制定绩效工资扣除政策时，通常会考虑员工的病假时长、工作表现、单位财务状况等多种因素。因此，不同单位之间的绩效工资扣除方式可能存在差异。
• 员工在请假前应仔细阅读并了解单位的相关规章制度和政策文件，特别是关于病假期间绩效工资扣除的规定。

三、维权途径

• 如果员工认为单位扣除绩效工资的行为不符合法律法规或单位规章制度，应先与单位进行沟通协商，寻求合理解决方案。
• 协商不成的，员工可以向当地的人事争议仲裁机构申请仲裁，以维护自身合法权益。在申请仲裁时，员工需要提供相关证据，如病假证明、单位规章制度等，以支持自己的主张。

四、建议

• 对于事业单位员工而言，在请病假前最好与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解病假期间绩效工资的扣除政策。
• 如果病假时间较长，员工也可以考虑与单位协商调整工作安排或申请其他形式的休假，以减少对绩效工资的影响。

五、示例说明

假设某事业单位规定：病假超过一个月的，按基本工资的90%发放，并扣除全部绩效工资。那么，如果员工请病假超过半年，其绩效工资将被全额扣除，而不是“扣两次”。当然，这只是一个示例，具体扣除方式还需根据单位规定来确定。

总之，事业单位员工请病假超过半年时，绩效工资的扣除方式需依据单位规定来确定。如有任何疑问或争议，员工应及时与单位相关部门沟通并寻求解决方案。如果有其他关于劳动工伤（工资福利）的问题，也可以直接向我咨询。