关于“双方确定应付未付金额，是否存在诉讼时效中断”的问题，结论是：在符合法定情形时，诉讼时效会中断。以下从多个角度为你详细分析：

诉讼时效中断的法定情形

根据《中华人民共和国民法典》第一百九十五条的规定，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：

1. 权利人向义务人提出履行请求：在双方确定应付未付金额的情况下，如果债权人（权利人）以书面形式（如律师函、催款通知等）或口头形式（需有证据证明，如录音、证人证言等）向债务人（义务人）明确提出履行债务的请求，就会引发诉讼时效的中断。例如，债权人通过发送律师函的方式，要求债务人在一定期限内支付应付未付的款项，此时诉讼时效就会中断，从中断之日起重新计算三年（一般诉讼时效期间为三年）。
2. 义务人同意履行义务：债务人明确表示同意履行债务，也会导致诉讼时效中断。这种同意可以是书面的，也可以是口头的。比如，债务人在收到债权人的催款通知后，回复称愿意在一个月内支付款项，这种回复就构成了义务人同意履行义务的情形，诉讼时效因此中断。
3. 权利人提起诉讼或者申请仲裁：当债权人就双方确定的应付未付金额向法院提起诉讼或者向仲裁机构申请仲裁时，诉讼时效也会中断。即使最终法院或仲裁机构没有支持债权人的全部或部分请求，或者债权人撤诉、撤回仲裁申请，从中断时起，诉讼时效期间仍然重新计算。
4. 与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形：这主要包括申请支付令、申请破产债权、申报破产债权、为主张权利而申请宣告义务人失踪或死亡、申请诉前财产保全、诉前临时禁令等诉前措施、申请强制执行、申请追加当事人或者被通知参加诉讼、在诉讼中主张抵销等。例如，债权人向法院申请支付令，要求债务人支付应付未付的款项，在申请支付令期间，诉讼时效中断。

诉讼时效中断的法律后果

诉讼时效中断后，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。这意味着，原本可能已经接近或超过诉讼时效期间的债权，因为发生了中断事由，而获得了新的诉讼时效保护期间。例如，原本的诉讼时效期间还剩一个月，但因为债权人向债务人提出了履行请求，诉讼时效中断，从中断之日起重新计算三年，债权人就又有了三年的时间来行使自己的权利。

实务建议

1. 保留证据：无论是债权人还是债务人，在涉及诉讼时效的问题时，都应当注意保留相关证据。债权人要保留好向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务、提起诉讼或申请仲裁等证据；债务人则要保留好已经履行债务或者因不可抗力等原因无法履行债务的证据。
2. 及时行使权利：债权人应当在诉讼时效期间内及时行使自己的权利，避免因为超过诉讼时效而丧失胜诉权。如果发现诉讼时效可能即将届满，可以采取上述中断诉讼时效的措施来重新计算诉讼时效期间。
3. 咨询专业律师：在涉及复杂的诉讼时效问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况为你提供准确的法律分析和建议，帮助你更好地维护自己的合法权益。

如果你在合同纠纷方面还有其他问题，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。