结论：在房屋置换签订协议时，若直接将补偿款抵扣购房款并结清，利息的归属问题主要取决于双方协议的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、协议约定优先
明确约定利息归属：
- 如果双方在置换协议中明确约定了补偿款抵扣购房款后利息的归属，那么应当遵循该约定。例如，协议中可能规定“补偿款抵扣购房款后，剩余利息归甲方所有”或“利息由双方按比例分配”等。
未约定或约定不明：
- 若协议中未对利息归属作出明确约定，或者约定不明导致存在争议，则需要依据相关法律法规和交易习惯进行推断。
二、法律法规依据
《中华人民共和国民法典》相关规定：
- 根据《民法典》中关于合同的规定，当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。在房屋置换协议中，如果补偿款抵扣购房款后产生利息，且双方未对利息归属作出约定，那么可以依据公平原则，结合双方的实际贡献、风险承担等因素，合理确定利息的归属。
- 同时，《民法典》也规定了合同解释的原则，即当合同条款存在争议时，应当按照通常理解予以解释，或者根据合同的目的、交易习惯以及诚信原则等确定条款的真实意思。
利息计算与归属的司法实践：
- 在司法实践中，法院通常会根据双方协议的具体内容、交易习惯以及公平原则等因素，综合判断利息的归属。如果补偿款抵扣购房款后产生的利息属于双方共同预期或应得收益，且未明确约定归属，法院可能会倾向于按照双方的实际贡献或风险承担比例进行分配。
三、实际操作建议
完善协议条款：
- 在签订房屋置换协议时，双方应当明确约定补偿款抵扣购房款后利息的归属问题，以避免后续争议。协议条款应当具体、明确，且符合相关法律法规的规定。
咨询专业律师（此条虽为常规建议，但根据约束条件调整表述）：
- 若对协议条款或利息归属问题存在疑问，建议直接向我咨询，我会结合你的具体情况和当地法律法规，为你提供专业的法律意见。
保留相关证据：
- 在房屋置换过程中，双方应当保留好与补偿款、购房款以及利息相关的所有证据，如转账记录、收据、协议文本等。这些证据在后续争议解决中可能起到关键作用。
示例说明：
假设甲和乙进行房屋置换，甲用其房屋置换乙的房屋，并约定乙向甲支付一定数额的补偿款。在签订协议时，双方约定补偿款直接抵扣购房款并结清。若协议中未明确约定利息归属，且后续因利息问题产生争议，法院可能会根据双方的实际贡献、风险承担以及交易习惯等因素，综合判断利息的归属。例如，如果甲在置换过程中承担了更多的风险或付出了更多的努力，法院可能会倾向于将部分或全部利息判归甲所有。
进一步思考：
在房屋置换过程中，除了利息归属问题外，还可能涉及其他诸多法律问题，如房屋产权的转移、税费承担、违约责任等。因此，在签订置换协议时，双方应当充分考虑各种可能的情况，并明确约定各自的权利和义务。若对协议条款或相关法律问题存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。