针对单位已付款但收到假发票的情况，核心处理步骤如下，需结合法律、财务及实务操作综合应对：

1. 立即停止报销流程，固定证据

• 暂停付款/入账：若发票尚未入账或付款未完成，立即终止流程，避免资金进一步损失。
• 固定证据链：
  • 保存假发票原件及复印件；
  • 留存付款凭证（如银行转账记录、支票存根）；
  • 记录与开票方的沟通记录（如邮件、聊天记录）；
  • 若涉及员工报销，需留存报销申请单、审批流程记录。

2. 核实发票真伪，明确责任主体

• 查验发票真伪：
  • 通过税务机关官网（如国家税务总局全国增值税发票查验平台）或拨打12366纳税服务热线核实；
  • 必要时委托第三方机构进行专业鉴定。
• 区分责任方：
  • 开票方责任：若发票为伪造或虚开，开票方可能涉嫌违法（如《刑法》第205条虚开增值税专用发票罪），单位可向税务机关举报或追究其民事赔偿责任；
  • 内部员工责任：若员工故意使用假发票报销，可能涉及职务侵占或诈骗，单位可依据内部规章制度处理，情节严重可报警。

3. 财务与税务合规处理

• 财务调整：
  • 已入账的假发票需冲红或作废，调整会计科目（如冲减“管理费用”或“其他应收款”）；
  • 若已抵扣增值税进项税额，需做进项税额转出，并补缴税款及滞纳金。
• 税务申报：
  • 在当期增值税申报表中填报“进项税额转出”栏目；
  • 向税务机关说明情况，避免被认定为偷税漏税。

4. 追偿与法律行动

• 向开票方追偿：
  • 发送书面《律师函》要求退还已付款项，并赔偿损失（如税款、滞纳金、调查费用）；
  • 若对方拒不配合，可向法院提起民事诉讼（案由：不当得利返还或合同纠纷）。
• 内部追责：
  • 若员工涉案，依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，并追究其赔偿责任；
  • 若涉及管理层失职，可启动内部问责程序。

5. 完善内控与预防机制

• 修订报销制度：
  • 明确要求提供发票查验截图或税务机关出具的《发票真伪鉴定证明》；
  • 设置大额报销双人审核、财务负责人终审流程。
• 员工培训：
  • 定期开展发票合规培训，强调假发票的法律后果（如刑事责任、内部处罚）；
  • 提供典型案例警示教育。
• 技术手段：
  • 引入发票查验系统（如“票点点”“大象慧云”），实现自动查验与风险预警。

6. 特殊情形处理

• 善意取得假发票：
  • 若单位能证明对假发票不知情（如已尽合理审查义务），可向税务机关申请减免滞纳金，但仍需补缴税款；
  • 需提供证据：如与开票方的合同、付款记录、行业惯例等。
• 已过追诉期：
  • 若发现假发票时已超过3年诉讼时效（民事）或5年追诉期（刑事），仍可尝试通过协商或行政投诉解决，但法律强制力减弱。

提示：假发票问题可能涉及刑事风险，建议单位在处理时同步咨询刑事律师，评估是否需向公安机关报案。如有进一步疑问，可直接向我提供具体细节（如发票类型、金额、涉事方等），我将为您定制解决方案。