结论前置：基本农田上不可以建大型商业综合农贸厂房。
法律背景与解释：
基本农田的特殊保护：
- 基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，它受到法律的严格保护。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。
建设用地的审批与规划：
- 如果需要在土地上进行建设活动，包括建设大型商业综合农贸厂房，必须依法取得建设用地使用权，并且该建设活动必须符合土地利用总体规划和城乡规划。基本农田作为耕地的一种特殊类型，其用途的变更需要经过严格的审批程序，并且通常不允许变更为建设用地。
违法建设的法律后果：
- 如果未经批准在基本农田上建设大型商业综合农贸厂房，将构成违法用地行为。根据相关法律法规，违法用地者可能会面临责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状以及罚款等行政处罚。在严重的情况下，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
法律建议：
- 如果您有建设大型商业综合农贸厂房的需求，建议您首先咨询当地的土地管理部门或城乡规划部门，了解相关的土地利用规划和建设用地审批程序。
- 在选址时，应避开基本农田保护区，选择符合土地利用总体规划和城乡规划的建设用地。
- 如果确实需要占用耕地进行建设，应依法办理农用地转用审批手续，并确保符合相关的法律法规和政策要求。
可能的其他情况：
- 如果您对某块土地的性质或用途存在疑问，可以向当地的土地管理部门或不动产登记机构查询该土地的相关信息，以确保您的建设活动合法合规。
- 如果您已经未经批准在基本农田上进行了建设活动，建议您立即停止违法行为，并主动与当地的土地管理部门联系，寻求合法的解决方案，以避免可能的法律后果。
如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。