违法主体注销了，并不意味着案件调查都应终止。这一问题的答案需要结合具体的法律情境和案件性质来综合分析，以下从几个关键角度进行阐述：
行政调查的独立性：
- 行政调查是行政机关为履行其管理职责，对涉嫌违法的行为进行查证、核实的过程。这一过程具有相对的独立性，其目的在于查明事实真相，为后续的行政处理（如处罚、许可等）提供依据。
- 违法主体的注销，并不直接导致行政调查的终止。行政机关仍需继续调查，以确认违法事实是否存在、违法行为的性质及后果等，从而作出公正、合理的行政决定。
注销后的法律责任承担：
- 违法主体注销后，其法律责任并不因此而消灭。根据相关法律法规，如公司注销后，其未了结的债务和法律责任可能由股东、清算组或相关责任人承担。
- 在行政调查中，如果发现违法主体注销前存在违法行为，行政机关仍有权继续调查，并依法追究相关责任人的法律责任。
案件调查的终止条件：
- 案件调查的终止通常基于法定条件，如违法事实不成立、违法行为已过追诉时效、违法主体已不存在且无法追究相关责任人责任等。
- 违法主体注销本身并不构成案件调查终止的充分条件。行政机关需综合评估案件情况，包括违法事实是否清楚、证据是否充分、是否还能追究相关责任人的法律责任等，来决定是否终止调查。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如违法主体注销后，其资产、业务等已被其他主体承接，且该承接主体与违法行为无直接关联，行政机关可能会考虑终止调查或转移调查对象。
- 但这种情况需要严格的法律程序和证据支持，以确保行政决定的合法性和公正性。
法律建议：
- 对于行政机关而言，在违法主体注销后，应继续深入调查，查明违法事实，并依法追究相关责任人的法律责任。如果确实无法继续调查或追究责任，应依法作出终止调查的决定，并说明理由。
- 对于违法主体的相关责任人而言，如果面临行政调查，应积极配合调查工作，提供必要的证据和资料。如果认为行政机关的调查行为违法或不当，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
可能后果：
- 如果行政机关在违法主体注销后终止调查，而后续发现存在违法行为且应追究相关责任人责任，行政机关可能面临法律监督和责任追究的风险。
- 对于违法主体的相关责任人而言，如果逃避行政调查或拒绝承担法律责任，可能面临更严厉的法律制裁和信用惩戒。
综上所述，违法主体注销了并不意味着案件调查都应终止。行政机关应依法继续调查，并根据案件情况作出公正、合理的行政决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。