双方协商自愿离职后，如果存在相关争议，是可以申请劳动仲裁的。以下是对此问题的详细分析：
一、协商自愿离职的性质与仲裁可能性
协商自愿离职是用人单位与劳动者在平等自愿的基础上，通过协商一致解除劳动合同的行为。这种解除方式体现了双方的合意，但即便如此，如果双方在协商过程中或协商后，就离职相关事宜（如经济补偿金、工作交接、保密义务等）存在争议，劳动者仍然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
二、可以申请仲裁的具体情形
未支付经济补偿金：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。如果用人单位未按照约定支付经济补偿金，劳动者有权申请劳动仲裁。
违反法律强制性规定：
- 如果协商自愿离职的协议内容违反了法律的强制性规定，如强迫劳动者签订不平等协议、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，那么该协议可能无效。在这种情况下，劳动者也可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
其他争议事项：
- 除了上述情形外，如果双方在协商自愿离职过程中就其他事项（如工作交接的具体要求、保密义务的范围和期限等）产生争议，且无法通过协商解决，劳动者同样可以申请劳动仲裁。
三、申请仲裁的注意事项
了解仲裁时效：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者在发现权益受到侵害后，应及时申请仲裁，以免丧失胜诉权。
准备充分证据：
- 在申请仲裁时，劳动者需要提供充分的证据来证明自己的主张。这些证据可以包括劳动合同、工资单、协商自愿离职的协议、聊天记录、录音录像等。确保证据能够清晰展示争议的事实和理由。
遵循法定程序：
- 申请仲裁需要遵循法定的程序和要求，如填写仲裁申请书、提交证据材料、参加庭审等。劳动者应认真了解并遵循这些程序和要求，以确保自己的权益得到有效维护。
四、实际操作建议
- 在协商过程中保持谨慎：在协商自愿离职时，劳动者应仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。如果对协议内容有疑问或不满，应及时与用人单位沟通并寻求法律意见。
- 及时咨询与行动：如果发现用人单位存在违法行为或未履行协议义务，劳动者应及时咨询并申请劳动仲裁，以免错过时效期间。
综上所述，双方协商自愿离职后，如果存在相关争议，劳动者是有权申请劳动仲裁的。在申请过程中，劳动者应了解仲裁时效、准备充分证据并遵循法定程序，以确保自己的权益得到最大程度的保护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。