结论是，诈骗底层员工认罪后，检察院仍可能会起诉，但具体是否起诉需结合案件具体情况综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、认罪对起诉的影响
认罪态度是量刑情节：
- 认罪态度是法院在量刑时会考虑的一个重要因素。如果诈骗底层员工认罪态度良好，如实供述自己的罪行，这通常会被视为一个从轻或减轻处罚的情节。然而，认罪态度本身并不直接决定检察院是否起诉，而是影响量刑的轻重。
认罪不免除起诉责任：
- 认罪并不意味着可以免除被起诉的责任。检察院在决定是否起诉时，会综合考虑案件的性质、情节、社会危害程度以及犯罪嫌疑人的认罪态度等多个因素。即使犯罪嫌疑人认罪，如果案件性质恶劣、情节严重或社会危害大，检察院仍可能会决定起诉。
二、检察院起诉的考量因素
案件性质与情节：
- 检察院会首先评估案件的性质和情节。如果诈骗行为涉及金额巨大、手段恶劣、影响广泛或造成严重后果，那么即使底层员工认罪，检察院也可能会认为有必要起诉以维护社会秩序和公平正义。
犯罪嫌疑人的作用与地位：
- 在诈骗案件中，底层员工虽然可能只是执行者，但他们的行为仍然是整个诈骗链条的一部分。检察院会评估犯罪嫌疑人在案件中的作用和地位，以及他们是否对诈骗行为的实施起到了关键作用。如果底层员工的行为对诈骗成功起到了重要作用，那么他们仍可能面临起诉。
社会危害程度：
- 检察院还会考虑诈骗行为的社会危害程度。如果诈骗行为严重损害了公众利益、破坏了市场秩序或影响了社会稳定，那么即使底层员工认罪，检察院也可能会认为有必要起诉以警示他人、维护社会秩序。
证据充分性：
- 检察院在决定是否起诉时，还会考虑证据的充分性。如果证据确实、充分，能够证明犯罪嫌疑人的罪行，那么即使犯罪嫌疑人认罪，检察院也可能会决定起诉。相反，如果证据不足或存在疑问，检察院可能会选择不起诉或要求公安机关补充侦查。
三、特殊情况下的处理
从犯或胁从犯：
- 如果诈骗底层员工被认定为从犯或胁从犯，且他们的行为对诈骗成功的作用相对较小，那么检察院在决定是否起诉时可能会更加谨慎。在某些情况下，如果从犯或胁从犯的认罪态度良好且情节轻微，检察院可能会考虑不起诉或建议法院从轻、减轻处罚。
自首与立功：
- 如果诈骗底层员工在案发后能够主动投案自首或提供重要线索协助公安机关破案（立功），那么这些情节也可能会被检察院在决定是否起诉时予以考虑。自首和立功是法定的从轻或减轻处罚情节，如果犯罪嫌疑人具备这些情节且认罪态度良好，检察院可能会选择不起诉或建议法院从轻、减轻处罚。
建议：对于诈骗底层员工而言，如果已经认罪，应积极配合司法机关的调查和审判工作，如实供述自己的罪行并争取从轻或减轻处罚。同时，也可以考虑咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。