对方是否会知道调查令调查其流水，需分情况讨论：

1. 调查令的签发与执行程序
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，调查令是法院授权律师或当事人向第三方（如银行）调取证据的司法文书。银行等金融机构在收到法院签发的调查令后，有义务配合提供被调查账户的流水信息，但法律未明确要求金融机构必须通知被调查人。实践中，银行通常不会主动告知账户持有人其流水被调取，除非涉及特殊程序（如冻结、扣划）或账户异常。

2. 对方可能知情的例外情形

   • 账户异常提示：若调取流水后账户发生大额变动或频繁查询，银行可能通过系统风控触发通知（如短信提醒），但此类通知与调查令本身无直接关联。
     
   • 后续诉讼程序：若流水作为证据提交至法庭，对方在庭审质证阶段会知晓调取事实，但此时已进入诉讼程序，调查行为本身已公开。
     
   • 银行内部合规要求：极少数银行可能因内部规定或风险控制需要，在调取流水后留存记录并通知客户，但此情形缺乏普遍性，且可能违反司法协助义务。

3. 法律对隐私的保护与限制
   根据《个人信息保护法》第13条，司法机关为履行法定职责处理个人信息无需征得个人同意。调查令调取流水属于司法调查行为，不构成对隐私权的侵犯，对方无权以“不知情”为由主张证据无效或程序违法。

建议：

• 若需确保对方不知情，可优先通过法院直接调取（而非调查令），因法院调取时银行通常更严格保密；
  
• 若使用调查令，可与金融机构沟通，要求其仅向法院或指定律师提供信息，避免直接接触对方；
  
• 对方若事后质疑证据合法性，可主张调查令系法院签发，具有公权力属性，无需通知其本人。
  

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