原告调查被告流水，被告在特定情况下会知道。具体分析如下：

1. 通过法院调查取证：

   • 当原告向法院申请调查被告的银行流水，并且法院批准了这一申请，法院将依法向银行发出协助调查通知书。银行在收到通知后，必须提供相关信息。这一过程中，银行可能会通知被告账户被查询的情况，尤其是当查询涉及到账户冻结或财产保全等措施时，被告通常会收到银行的通知。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人可以向法院申请调查收集证据，包括被告的银行流水。法院有权要求银行协助调查，并提供相关信息。

2. 律师持调查令查询：

   • 在某些地区，原告律师可以持法院出具的调查令向被告开户银行查询银行流水。这种情况下，如果银行要求或告知被告查询事宜，被告也会知道流水被查询。
   • 实践做法：律师凭调查令、律师证等文件向被告开户银行查询，但并非所有银行都会主动通知被告。

3. 其他情况：

   • 如果查询过程是通过司法审计或公安机关侦查等特定途径进行，被告在案件进展到一定阶段时，也可能会被告知相关信息。
   • 特别是在刑事案件中，如果被告涉嫌经济犯罪，公安机关在侦查过程中查询的银行流水，通常会作为证据在后续诉讼中使用，被告此时也会知晓。

综上所述，原告调查被告流水时，被告在特定情况下会知道，尤其是当查询涉及到法院的调查取证、律师持调查令查询，或者案件进展到被告需要被告知相关证据的阶段时。因此，在进行此类查询时，应充分考虑可能涉及的隐私权和合法权益保护问题。