申请调查对方银行流水时，对方单位通常不会直接知晓，但存在间接获知的可能性，具体取决于调查方式及流程。以下分情况详细说明：

1. 通过法院申请调查令或直接申请法院调取
   若您通过诉讼程序，向法院申请调查令（或直接申请法院调取对方银行流水），法院会依据《民事诉讼法》及相关司法解释，向银行发出协助查询通知书。此时：

   • 银行作为协助执行单位，会严格保密查询信息，仅向法院反馈结果，不会主动通知对方单位；
     
   • 对方个人可能知晓：若对方收到法院传票、应诉通知或自行查询银行账户时，可能发现流水被调取，但单位通常不会通过此途径获知；
     
   • 特殊情形：若对方单位是其银行账户的共同管理方（如单位代发工资的账户），或银行因操作疏漏泄露信息，单位可能间接知晓，但此类情况极少见。

2. 通过律师持调查令调取
   若您委托律师，律师持法院签发的调查令向银行调取流水，流程与法院直接调取类似：

   • 银行仍会保密，仅向律师提供流水，单位不会直接收到通知；
     
   • 对方个人可能通过银行通知或律师联系获知，但单位通常不涉及此环节。

3. 通过行政机关或监察机关调取
   若涉及行政处罚、监察调查等公权力程序，相关机关（如税务局、监察委）可能依职权调取流水：

   • 单位是否知晓取决于调查范围：若调查仅针对个人，单位通常不知情；若涉及单位账户或单位与个人资金往来，单位可能被要求配合调查并知晓部分信息。

建议：

• 若您需调取对方流水，优先通过法院或律师申请调查令，程序合法且保密性较强；
  
• 避免通过非正规途径（如私下联系银行工作人员）调取，可能涉嫌违法且导致证据无效；
  
• 若担心对方单位知晓，可在申请时明确要求法院或银行保密，但无法完全排除间接泄露风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及风险防范。