结论：贪污100万后用这100万办厂，资产达到1000万，被查出贪污后，获取的多余款项（即超出贪污原始金额的部分）在法律上仍会被视为贪污犯罪的违法所得，需依法追缴。

详细分析：

1. 贪污犯罪的违法所得性质：

   • 贪污犯罪的违法所得，不仅包括直接贪污的款项，还包括利用贪污款项进行投资、经营等所获得的收益。这是因为这些收益是基于贪污行为而获得的，具有非法性。
   • 在本案例中，贪污的100万是原始违法所得，而用这100万办厂后资产达到1000万，其中的900万增值部分，虽然形式上表现为厂子的资产，但实质上是基于贪污行为而获得的收益，因此也应被视为违法所得。

2. 违法所得的追缴原则：

   • 根据法律规定，对于贪污犯罪的违法所得，应当依法追缴，上缴国库。这是为了维护法律的公正和权威，防止犯罪分子从犯罪行为中获利。
   • 追缴违法所得时，不仅追缴原始贪污款项，还包括利用贪污款项所获得的全部收益。因此，在本案例中，不仅贪污的100万需要追缴，而且用这100万办厂所获得的900万增值部分也需要追缴。

3. 可能的法律后果：

   • 如果犯罪分子被查出贪污并确认违法所得，那么除了面临刑事处罚（如有期徒刑、罚金等）外，还需要承担违法所得的追缴责任。
   • 在追缴过程中，如果犯罪分子能够积极配合、主动退赃，可能会在一定程度上减轻其刑事处罚。但如果拒不配合、逃避追缴，则可能会面临更严厉的刑事处罚。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果犯罪分子在办厂过程中投入了其他合法资金或劳动，这部分投入在追缴违法所得时可能会得到一定的考虑。但具体如何考虑，需要根据案件的具体情况和法律规定进行综合判断。
   • 另外，如果厂子的资产中包含了其他无辜第三方的权益（如员工工资、供应商货款等），在追缴违法所得时也需要保护这些第三方的合法权益，避免造成不必要的损失。

建议：

• 如果你或你身边的人涉及此类贪污犯罪问题，建议尽快向专业律师咨询，了解具体的法律后果和应对策略。
• 在面对法律追究时，应积极配合调查、主动退赃，以争取减轻刑事处罚的可能性。
• 同时，也要注意保护自己的合法权益，避免在追缴违法所得过程中受到不必要的损失。

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